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RNA-seq トピック削除
No.9255-TOPIC - 2020/10/26 (月) 12:18:04 - RNA
RNA-seqのデータ解析について教えてください。
老年マウスと若年マウスの皮下脂肪組織についてTGFb pathwayの解析を行いたいと思っています。ソフトはGene Set Enrichment Analysis (GSEA) を使っており、Text ファイルの読み込みまではできました。
どなたか、その後の操作方法について教えていただけないでしょうか?
 
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No.9255-7 - 2020/10/27 (火) 23:58:47 - RNA
みなさま、ありがとうございます。
なんとか自力でできました。ファイル形式がtextだったりbmr (名前忘れました)だったりと色々と要求されていましたので、各種ソフトインストールしてファイル形式を整えることでクリアできました。

(無題) 削除/引用
No.9255-6 - 2020/10/27 (火) 09:27:34 - s
https://togotv.dbcls.jp/20100723.html
は御覧になったのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.9255-5 - 2020/10/27 (火) 09:00:04 - s
これは失礼しました。パスワードを設定しておりませんので、削除はできません。
ご容赦ください。

(無題) 削除/引用
No.9255-4 - 2020/10/27 (火) 05:42:53 - おお
https://www.gsea-msigdb.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html

私は使ったこともないのでなんとも言えませんが、これですかねぇ。。。
具体的にどこで行き詰まっているか書いておくとコメントが付きやすいのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.9255-3 - 2020/10/27 (火) 02:38:12 - RNA
sさん迷惑な質問です。削除をお願いします。

私はProgenyなどというものには興味はなく、あなたの質問からはPROGENyのほうが良さそうに思える根拠も全く記載がありませんし、ここに答えを書いてくれないということからあなた自身はGSEAを使ったことがないと推察しております。

ただただ私の質問に対する答えが混乱するだけの質問です。
気になるのであれば、どうぞ別途スレッドを立ててください。

(無題) 削除/引用
No.9255-2 - 2020/10/26 (月) 13:05:54 - s
関連質問です。
パスウェイ解析やGSEAよりもPROGENyのほうが良さそうに思えるのですが、実際に比較された方はいますか。

RNA-seq 削除/引用
No.9255-1 - 2020/10/26 (月) 12:18:04 - RNA
RNA-seqのデータ解析について教えてください。
老年マウスと若年マウスの皮下脂肪組織についてTGFb pathwayの解析を行いたいと思っています。ソフトはGene Set Enrichment Analysis (GSEA) を使っており、Text ファイルの読み込みまではできました。
どなたか、その後の操作方法について教えていただけないでしょうか?

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