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RNA-seqで発現量解析のscaled reads per base トピック削除
No.9200-TOPIC - 2020/10/06 (火) 15:32:47 - RNA-seq
RNA-seqによる発現量解析に詳しい方、よろしくお願いします。

Rのソフトをつかって発現量解析を行った時、自動的に作画された図で、縦軸がscaled reads per baseという単位であったのですが、マッピングされたリード数はそのまま発現量を表しているわけではないので、TPMなどで正規化をする必要があるというのは理解できます。しかし添付の図のように、縦軸がマイナスになってしまうのはなぜでしょうか?
 
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対数表記 削除/引用
No.9200-3 - 2020/10/06 (火) 20:50:20 - RNA-seq
対数表記ではないようです。
ここでの図の添付方法がわからなかったので、ヤフー知恵袋に同じ質問をして図を添付しました。
https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q12232637392?__ysp=Uk5BLXNlcQ%3D%3D
詳しい方よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用
No.9200-2 - 2020/10/06 (火) 16:05:28 - f
添付図はないので、不明ですが、対数表記じゃないですか?

RNA-seqで発現量解析のscaled reads per base 削除/引用
No.9200-1 - 2020/10/06 (火) 15:32:47 - RNA-seq
RNA-seqによる発現量解析に詳しい方、よろしくお願いします。

Rのソフトをつかって発現量解析を行った時、自動的に作画された図で、縦軸がscaled reads per baseという単位であったのですが、マッピングされたリード数はそのまま発現量を表しているわけではないので、TPMなどで正規化をする必要があるというのは理解できます。しかし添付の図のように、縦軸がマイナスになってしまうのはなぜでしょうか?

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