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(無題) 削除/引用 No.9199-13 - 2020/10/11 (日) 12:24:04 - やや > nonameさん ありがとうございました。 貼って下さったリンクは、実際的で分かりやすかったです。

(無題) 削除/引用 No.9199-12 - 2020/10/09 (金) 11:29:54 - noname > ふと思ったのですが、増幅されたDNAが真の標的かどうかは、適宜確認する > タイミングはどの様に対応されてますでしょうか？ > (nonameさんの記載では、蓋を開けてはいけないという内容でした。) 反応後、融解曲線解析もしくは会合曲線解析でノンスぺかどうかは判別できます。 ttps://www.nippongene.com/kensa/products/amplification/2x-lamp-mix/2x-lamp-master-mix.html 目的産物でないとTm値がずれます。

(無題) 削除/引用 No.9199-11 - 2020/10/08 (木) 22:07:57 - やや 色々と情報、ありがとうございます。 ふと思ったのですが、増幅されたDNAが真の標的かどうかは、適宜確認する タイミングはどの様に対応されてますでしょうか？ (nonameさんの記載では、蓋を開けてはいけないという内容でした。) また、定量的な部分では、LAMP法の場合はプラトーとノンスぺの関係性は どういう論理になっていますでしょうか？ (fさんの記載では、鋳型なしでも増幅可能性ありという内容でしたが、 コンタミかノンスぺかの区別として、反応時間のリニアリティ等の関係性が 気になりました。) Real-time PCRでも基本的に増幅産物の都度確認する訳ではないですが。 (事前検討時の実施は除きます。)

(無題) 削除/引用 No.9199-9 - 2020/10/07 (水) 19:30:14 - toto というか、PCRだとステップがはっきりしてるので何サイクル回したらどれくらい増幅するかがわかるのに対して、LAMPの場合は時間等で決めるしかないので、増幅度の調節があんまりきかないということと思います。PCRで100サイクル回す人はいないでしょうが、LAMPだと気がついたらそれに相当するくらいやってることもあるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.9199-8 - 2020/10/07 (水) 17:45:43 - non >[Re:7] Skepticさんは書きました : > 感度が低い方が優れているというのも奇妙な話のように感じます。PCRと比較して定量的なアッセイに向かないということでしょうか？ おそらくいろいろな検出系に言えるのでしょうが、 今まで拾ってこれなかった（あえて拾わなかった）ノイズみたいなものまで 拾えてしまってなんのこっちゃわからなくなってしまった、みたいなことだと思います。 実用化するときは見えすぎるのも困りものです。

(無題) 削除/引用 No.9199-7 - 2020/10/07 (水) 13:49:03 - Skeptic 感度が低い方が優れているというのも奇妙な話のように感じます。PCRと比較して定量的なアッセイに向かないということでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.9199-6 - 2020/10/07 (水) 13:11:06 - noname 私のところでは増幅に使用したチューブは絶対に 開けてはいけないというルールで運用しています。 増幅産物のふたを開けようものなら、その部屋ではしばらくコンタミ祭り... 逆に言えばそれだけ感度が良いということです。 コンタミ対策を強化しないと偽陽性ばっかり出てしまうという点が PCRに置き換わらない理由の一つだと思います。

(無題) 削除/引用 No.9199-5 - 2020/10/07 (水) 09:36:36 - AA SHERLOCKやDETECTORなどの手法でもLAMP法を用いていますね。 少量の鋳型からの増幅が出来て、温度の上げ下げがいらない、 というのは臨床での核酸検出目的にはPCRより優れているのだと思います。 LAMP法を使った検査法用の機械もちらほら出回り始めたので、サーマルサイクラーを導入していないような環境では今後普及するのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.9199-4 - 2020/10/06 (火) 22:49:01 - toto トランプさんご愛用のID nowというAbott社のSarsCov2検出器はLAMP法のようですね。

(無題) 削除/引用 No.9199-3 - 2020/10/06 (火) 19:53:46 - やや > fさん 実使用者の貴重なご意見、大変ありがとうございます。 何事も切れ味が鋭い程、使用にも注意が必要という事ですね。 メーカさんとしては特異性もウリの一つというアピールではありますが、 ネガコンに気を付けなけなればならないと。

(無題) 削除/引用 No.9199-2 - 2020/10/06 (火) 15:24:06 - f 実際に使ったことありますので、使用感を。 増幅効率は、極めて高いです。1コピーの標的DNAでも、確かに増幅できます。 PCRと比べると、その点で、大きなアドバンテージがあります。 一方で、その感度の良さが、欠点ともなりえます。 というのは、コンタミが大問題になってきます。 テンプレートDNAを入れてないサンプルでも、DNAが増幅されました。 つまり、普段は意識しなくても良い程度のコンタミが、大きく問題になります。 試薬や水、チップ、ベンチ、空調など、普段の実験では気にしなくてもいいことに対策する必要があります。 感度が良くて素晴らしいのに、別の問題が出てくるなんて、変な話ですけど、現実です。

LAMP法の気軽さについて 削除/引用 No.9199-1 - 2020/10/06 (火) 14:54:42 - やや 私自身はLAMP法を実施した経験はありません。 原理等は総説を読んで把握しているレベルです。 LAMP法は、検討された特定の決まった標的に対して感度・検出簡易度が 良いのかなという印象があります。 一方で、PCRと比較して、気軽に実施する探索的な使用に対しては、 ハードルがあるのかなとも想像しています。 原理的にPrimer設定の難易度等があるかと思いますが(自動プログラム はあるとは言え)、汎用使用において、PCRに置き換わらない要因は どこにありますでしょうか？ (試薬の価格は、需要と供給の関係になるためここでは無視して下さい) 周囲にLAMP法経験者がいないため、ご教示下さると幸いです。

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