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イネのアミノ酸配列をアクセッション番号から取ってくる方法 トピック削除
No.9190-TOPIC - 2020/10/01 (木) 12:04:40 - akibooooo
LOC＿OsXXｇYYYYYというアクセッション番号を約1500個持っています。
これらに該当するアミノ酸配列をダウンロードしたいのですが、どうしたらよいでしょうか？
LOC＿OsというアクセッションをOsXXｇYYYYYYYという風には変換できました（すべてではなく、一部）。
RAP-DBからIRGSP-1.0_predicted-protein.txt(terapad)というファイルをダウンロードしましたが、これらのアクセッションはOsXXtYYYYYYとｇがｔに変わっていました。

ちなみに調べたいアクセッションの一部は以下です
LOC_Os01g45910
LOC_Os02g11740
LOC_Os01g40390
LOC_Os01g40380
LOC_Os01g40410
LOC_Os01g41400
LOC_Os01g41420
LOC_Os01g43040
LOC_Os01g43320
LOC_Os01g63770
LOC_Os01g63854
LOC_Os01g65660
LOC_Os01g65670
LOC_Os01g66010
LOC_Os01g68050
LOC_Os01g61044
LOC_Os02g01100
LOC_Os02g01210
LOC_Os02g09810
LOC_Os02g44980
　
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ありがとうございました。 削除/引用
No.9190-4 - 2020/10/02 (金) 15:16:32 - akibooooo
ありがとうございました。大変助かります。

(無題) 削除/引用
No.9190-3 - 2020/10/01 (木) 16:36:22 - chi
1500個、一度にいけるかどうか知りませんが、20個ぐらいだったらこのページで一瞬ですね。
http://rice.plantbiology.msu.edu/downloads_gad.shtml

(無題) 削除/引用
No.9190-2 - 2020/10/01 (木) 16:21:38 - kki
アクセッション番号をOsXXtYYYYYYに変換して、対応するものを抜き出したら良いのではないでしょうか。

イネのアミノ酸配列をアクセッション番号から取ってくる方法 削除/引用
No.9190-1 - 2020/10/01 (木) 12:04:40 - akibooooo
LOC＿OsXXｇYYYYYというアクセッション番号を約1500個持っています。
これらに該当するアミノ酸配列をダウンロードしたいのですが、どうしたらよいでしょうか？
LOC＿OsというアクセッションをOsXXｇYYYYYYYという風には変換できました（すべてではなく、一部）。
RAP-DBからIRGSP-1.0_predicted-protein.txt(terapad)というファイルをダウンロードしましたが、これらのアクセッションはOsXXtYYYYYYとｇがｔに変わっていました。

ちなみに調べたいアクセッションの一部は以下です
LOC_Os01g45910
LOC_Os02g11740
LOC_Os01g40390
LOC_Os01g40380
LOC_Os01g40410
LOC_Os01g41400
LOC_Os01g41420
LOC_Os01g43040
LOC_Os01g43320
LOC_Os01g63770
LOC_Os01g63854
LOC_Os01g65660
LOC_Os01g65670
LOC_Os01g66010
LOC_Os01g68050
LOC_Os01g61044
LOC_Os02g01100
LOC_Os02g01210
LOC_Os02g09810
LOC_Os02g44980
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