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イネのアミノ酸配列をアクセッション番号から取ってくる方法 トピック削除
No.9189-TOPIC - 2020/10/01 (木) 11:41:55 - akibooooo
LOC_OsXXgYYYYYというアクセッション番号を約1500個持っています。
これらに該当するアミノ酸配列をダウンロードしたいのですが、どうしたらよいでしょうか?
LOC_OsというアクセッションをOsXXgYYYYYYYという風には変換できました(すべてではなく、一部)。
RAP-DBからIRGSP-1.0_predicted-protein.txt(terapad)というファイルをダウンロードしましたが、これらのアクセッションはOsXXtYYYYYYとgがtに変わっていました。

ちなみに調べたいアクセッションの一部は以下です
LOC_Os01g45910
LOC_Os02g11740
LOC_Os01g40390
LOC_Os01g40380
LOC_Os01g40410
LOC_Os01g41400
LOC_Os01g41420
LOC_Os01g43040
LOC_Os01g43320
LOC_Os01g63770
LOC_Os01g63854
LOC_Os01g65660
LOC_Os01g65670
LOC_Os01g66010
LOC_Os01g68050
LOC_Os01g61044
LOC_Os02g01100
LOC_Os02g01210
LOC_Os02g09810
LOC_Os02g44980
LOC_Os02g46810
LOC_Os02g49060
LOC_Os02g49510
LOC_Os02g54730
LOC_Os03g14080
LOC_Os03g44230
LOC_Os03g60260
LOC_Os04g12508
LOC_Os04g12499
LOC_Os04g38660
LOC_Os04g38670
LOC_Os04g38680
LOC_Os04g38860
LOC_Os04g39489
LOC_Os04g41350
LOC_Os04g47420
LOC_Os04g47780
LOC_Os04g56470
LOC_Os05g14820
LOC_Os08g32070
 
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イネのアミノ酸配列をアクセッション番号から取ってくる方法 削除/引用
No.9189-1 - 2020/10/01 (木) 11:41:55 - akibooooo
LOC_OsXXgYYYYYというアクセッション番号を約1500個持っています。
これらに該当するアミノ酸配列をダウンロードしたいのですが、どうしたらよいでしょうか?
LOC_OsというアクセッションをOsXXgYYYYYYYという風には変換できました(すべてではなく、一部)。
RAP-DBからIRGSP-1.0_predicted-protein.txt(terapad)というファイルをダウンロードしましたが、これらのアクセッションはOsXXtYYYYYYとgがtに変わっていました。

ちなみに調べたいアクセッションの一部は以下です
LOC_Os01g45910
LOC_Os02g11740
LOC_Os01g40390
LOC_Os01g40380
LOC_Os01g40410
LOC_Os01g41400
LOC_Os01g41420
LOC_Os01g43040
LOC_Os01g43320
LOC_Os01g63770
LOC_Os01g63854
LOC_Os01g65660
LOC_Os01g65670
LOC_Os01g66010
LOC_Os01g68050
LOC_Os01g61044
LOC_Os02g01100
LOC_Os02g01210
LOC_Os02g09810
LOC_Os02g44980
LOC_Os02g46810
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LOC_Os02g49510
LOC_Os02g54730
LOC_Os03g14080
LOC_Os03g44230
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LOC_Os04g38660
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LOC_Os04g41350
LOC_Os04g47420
LOC_Os04g47780
LOC_Os04g56470
LOC_Os05g14820
LOC_Os08g32070

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