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レポータプラスミドにminimal promoterは必要? トピック削除
No.9130-TOPIC - 2020/09/02 (水) 03:59:48 - れぽ
いつも勉強させて頂いております。
この度レポータープラスミドに関してご助言を頂きたく投稿させて頂きました。

とある遺伝子Aのプロモーター領域をレポーター遺伝子に組み込みました。
この遺伝子は薬剤Bの刺激で転写がおこる領域です。

レポータプラスミドの作り方がわからなかったのでPromegaのサイトを参考にしました。Promegaのサイトを見ますとレポータプラスミドの作り方として下記のように記してあります。

Typically, researchers will choose between a promoterless or a minimal promoter vector. Both options with no insert (empty vectors) can provide the desired low basal level of background reporter signal, but the signal will vary depending on the cell line and transfection conditions. If your sequence of interest is expected to just enhance transcription, you may need to use a minimal promoter vector to achieve a basal signal above background. If your sequence of interest is a promoter region and has all the necessary components for basal transcription, the promoterless vector will likely be suitable.


Minimal promoterが要るか要らないかが分からなかったので、Minipromoterが有り、無しのプラスミドを2つ作りました。
つまり
遺伝子Aプロモータ+Minimal promoter + GFP
あるいは
遺伝子Aプロモータ + GFP

の構造になっています。

細胞にトランスフェクションしたところ薬剤Bの刺激で両方ともGFPを発現しました。しかし遺伝子Aプロモータ + GFPの場合はバックグラウンドがかなり高く、刺激しなくてもGFPの発現がある程度見受けられました。
一方、遺伝子Aプロモータ+Minimal promoter + GFPの場合はバックグラウンドがほとんど有りませんでした。
どちらのプラスミドも使えそうですが、mini promoter有りの方がバックグラウンドが少ないため、こちらを使いたいです。


ここで質問なのですが遺伝子Aプロモータ + GFPのプラスミドがワークしているのに、あえてそこにMinipromoterを組み込んでいるのは変でしょうか?
Reviewerや論文の読者に変に思われるかな、と思ったのですが。
ご意見を頂けますと大変ありがたいです。
どうぞ宜しくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.9130-5 - 2020/09/03 (木) 05:42:59 - れぽ
おおさん

ご助言有難うございます。
レポーターの構造を示すことで論文の内容を信頼あるものにすることが出来ますね。
論文に追加したいと思います。

(無題) 削除/引用
No.9130-4 - 2020/09/02 (水) 08:17:35 - おお
>[Re:3] れぽさんは書きました :
> おおさん
>
> 詳細な解説誠に有難うございます。
> 非常に良く理解できました。
>
> "遺伝子Aプロモータ+GFP"のプラスミドで発現が見えましたので、
> 遺伝子AプロモータにMINIMAL PROMOTERが含まれているかと思います。
>

すでに調べているだろうとは思いますが、転写開始点(予測、あれば実験事実、全長RNA配列を参照にした開始点)をまとめておけば、コンストラクションの根拠になりますし、論文で1パラグラフぐらいはかけるだろうと思います。

(無題) 削除/引用
No.9130-3 - 2020/09/02 (水) 06:51:31 - れぽ
おおさん

詳細な解説誠に有難うございます。
非常に良く理解できました。

"遺伝子Aプロモータ+GFP"のプラスミドで発現が見えましたので、
遺伝子AプロモータにMINIMAL PROMOTERが含まれているかと思います。

ですので
"遺伝子Aプロモータ+Minimal promoter + GFP"のプラスミドは
遺伝子Aエンハンサー+遺伝子A MINIPROMOTER+プロメガのMinipromoter + GFP
という構造になっているかと思います。
仰る通りあまり良くないコンストラクトですね。

GFPを発現している細胞をFACSでソートする予定でしたので、プラスミドにLuciferaseでは無く、GFPを組み込みました。
なるほど、GFPにはそのような短所もあるのですか…
プロモーターの活性化を示す場合にはLuciferaseを使いたいと思います。

有難うございます!

(無題) 削除/引用
No.9130-2 - 2020/09/02 (水) 05:01:27 - おお
プロモーターの定義の仕方の問題があると思います。
プロメガが考えているのはおそらく、

プロモーター(Minimal promoter)はPol IIが結合するところ。言い換えれば転写開始点の直前。

あなたがプロモーターといっているのはおそらく
転写開始点から上流でPol IIの結合と、それを助けるTranscriptional Factorが結合するエンハンサーの部位(Myc、MEF、NueroD、HomeoboxにつくHoxとかエストロゲンなどで活性化する核内リセプターなどがつく部位)を考えていると思います。

Minimal promoterを含むReporterプラスミドは特にエンハンサー領域の解析、対象の遺伝子のMinimal promoterが弱いとか、Transfectionする細胞で対象の遺伝子のMinimal promoterが機能しにくいとき、対象の遺伝子のMinimal promoterの位置が決められないときなどに有効

まずは対象遺伝子のMinimal Promoter、転写開始点を確認してください。もしその領域が含まれているなら、遺伝子Aプロモータ+Minimal promoter + GFPは理論的にあまり良くないコンストラクトと言えるかもしれません。


Minimal promoterといえど組織特異的な因子があったりとするので、
遺伝子Aエンハンサー+Minimal promoter + GFPと
遺伝子Aプロモータ+GFP
の比較は何らかの知見を見いだせるかのうせいがあるでしょう。

ちなみにGFPは非常に安定なタンパクなのでプロモーターの活性化、不活性化に鈍感で動きが見にくいと思いますが、おそらく何らかの事情があったのかと察します。まあ理由が開示できるかどうかわからないので質問するに至りませんけど。

レポータプラスミドにminimal promoterは必要? 削除/引用
No.9130-1 - 2020/09/02 (水) 03:59:48 - れぽ
いつも勉強させて頂いております。
この度レポータープラスミドに関してご助言を頂きたく投稿させて頂きました。

とある遺伝子Aのプロモーター領域をレポーター遺伝子に組み込みました。
この遺伝子は薬剤Bの刺激で転写がおこる領域です。

レポータプラスミドの作り方がわからなかったのでPromegaのサイトを参考にしました。Promegaのサイトを見ますとレポータプラスミドの作り方として下記のように記してあります。

Typically, researchers will choose between a promoterless or a minimal promoter vector. Both options with no insert (empty vectors) can provide the desired low basal level of background reporter signal, but the signal will vary depending on the cell line and transfection conditions. If your sequence of interest is expected to just enhance transcription, you may need to use a minimal promoter vector to achieve a basal signal above background. If your sequence of interest is a promoter region and has all the necessary components for basal transcription, the promoterless vector will likely be suitable.


Minimal promoterが要るか要らないかが分からなかったので、Minipromoterが有り、無しのプラスミドを2つ作りました。
つまり
遺伝子Aプロモータ+Minimal promoter + GFP
あるいは
遺伝子Aプロモータ + GFP

の構造になっています。

細胞にトランスフェクションしたところ薬剤Bの刺激で両方ともGFPを発現しました。しかし遺伝子Aプロモータ + GFPの場合はバックグラウンドがかなり高く、刺激しなくてもGFPの発現がある程度見受けられました。
一方、遺伝子Aプロモータ+Minimal promoter + GFPの場合はバックグラウンドがほとんど有りませんでした。
どちらのプラスミドも使えそうですが、mini promoter有りの方がバックグラウンドが少ないため、こちらを使いたいです。


ここで質問なのですが遺伝子Aプロモータ + GFPのプラスミドがワークしているのに、あえてそこにMinipromoterを組み込んでいるのは変でしょうか?
Reviewerや論文の読者に変に思われるかな、と思ったのですが。
ご意見を頂けますと大変ありがたいです。
どうぞ宜しくお願いいたします。

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