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遺伝子のアクセッション番号の探し方 トピック削除
No.9084-TOPIC - 2020/08/19 (水) 18:25:35 - kiki
microRNAの予測ターゲット遺伝子を探しております。検索サイトではassembly transcript ID(ENST)でしか記載されておりません。GenBankのaccession番号(NM---)で見つける方法などございますでしょうか？よろしくお願いいたします。
　
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No.9084-5 - 2020/08/22 (土) 01:37:54 - kiki
ありがとうございます。
勉強になりました。

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No.9084-4 - 2020/08/21 (金) 09:23:12 - おお
Ensembleは多分独自にアセンブリーデーターからTranscriptsの予測をしていて、その上存在を確認しているようですが、物によっては存在するエビデンスが弱いものもあります。またNCBIで示されている配列と１００％一致しないことも多いようです。Transcriptレベルで見るより遺伝子レベルで見るほうがいいのかもしれません。

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No.9084-3 - 2020/08/21 (金) 09:05:51 - kiki
ありがとうございます。無事変換できました。
初心者で申し訳ないのですが、ある遺伝子のENSTが、genbankのaccession番号に存在しないものがございました。各サイトの特性上のものなのでしょうか。
度々質問ですいません、どうぞよろしくお願いいたします。

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No.9084-2 - 2020/08/20 (木) 22:21:35 - おお
ENST****はensembl（https://uswest.ensembl.org/index.html）でつけられたIDで示しているリンクから検索すればどの遺伝子かわかります。たくさんのIDがあるリストを変換したいなら、https://david.ncifcrf.gov/ ここで変換できるはずです。

遺伝子のアクセッション番号の探し方 削除/引用
No.9084-1 - 2020/08/19 (水) 18:25:35 - kiki
microRNAの予測ターゲット遺伝子を探しております。検索サイトではassembly transcript ID(ENST)でしか記載されておりません。GenBankのaccession番号(NM---)で見つける方法などございますでしょうか？よろしくお願いいたします。
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