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ウエスタンブロットの抗体とアイソフォームに関して トピック削除
No.9082-TOPIC - 2020/08/18 (火) 17:16:51 - けみ
Genbankある遺伝子のアイソフォームがいくつかあった場合、一般的なウエスタンブロッティングの抗体は全てのアイソフォームに対応していると考えて良いのでしょうか?アイソフォームは問わず、抗体を使ってみてバンドが確認できるかどうかで判断しているのでしょうか?初心者で申し訳ないのですがご教示お願いします。
 
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No.9082-4 - 2020/08/22 (土) 10:56:10 - 1クァ2s3d4f5g6h7J8
その抗体の認識部位次第と思います。どのisoformにも共通するならばどれともの反応するでしょうし、そうでなければ、その部位を持つもののみ反応すると思います。モノクロだと1つですし、ポリクロでもペプチド抗原とかで免疫したものスペシフィクな抗体だと、どこらへんが認識部位かで、時には反応しないアイソフォームもあるかもしれません。前兆とかそれに近いくらいの抗原を免疫して得たものでしたら、どこかしら認識するので、あまり心配はないのかもしれません。
免疫原の配列を公開していないメーカーもあるので認識部位を知ることはいつでも可能とは限りませんので、、全アイソフォームをもれなく検出することが必須ならば、タンパク質そのもの(全長)を免疫して得たポリクロで抗原ペプチドとかで精製していない抗体が無難かもしれません。

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No.9082-3 - 2020/08/19 (水) 19:54:11 - bjkp
普通はそこまで実験的には調べてないと思う。免疫原の配列なり部位が開示しているならsplicing variantみたいの含めてデータベースから判断できるだろうし。問題は全長とか、真ん中のとことか曖昧な書き方してるのとか。

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No.9082-2 - 2020/08/18 (火) 19:27:12 - G25
それはケースバイケースでしょう。
免疫原が特定のエピトープしか含まないものか(例えば合成ペプチド)、複数のエピトープを含む大きなペプチド断片か(例えば大腸菌で発現させた融合タンパク質)か、モノクロかポリクロか、
単一のエピトープであれば、そのエピトープはすべてのアイソフォームに含まれているか否か、

まずは、説明書きや原著論文を見て、その領域を免疫原にしているか確認して、その領域がアイソフォーム間で保存されているか否かを調べてみたらいいんじゃないでしょうか。

ウエスタンブロットの抗体とアイソフォームに関して 削除/引用
No.9082-1 - 2020/08/18 (火) 17:16:51 - けみ
Genbankある遺伝子のアイソフォームがいくつかあった場合、一般的なウエスタンブロッティングの抗体は全てのアイソフォームに対応していると考えて良いのでしょうか?アイソフォームは問わず、抗体を使ってみてバンドが確認できるかどうかで判断しているのでしょうか?初心者で申し訳ないのですがご教示お願いします。

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