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FFPEサンプルをWGAしてからのWES解析。 トピック削除
No.9035-TOPIC - 2020/07/26 (日) 08:32:17 - WGA
とあるマイナーな癌のモデルマウスを解析しております。

人のデータを追加するために、Whole exome sequencingを検討しております。

FFPEのblockを確保したのですが、この癌は、微小なため、全ゲノム増幅しないとWES解析ができないものと考えております。以下の論文を見ると可能なのだと考えておりますが、いかんせん病変が微小なため、DNAが確保できるかも不明です。どなたかFFPEからのWGAをご経験の方いらっしゃいますか？


Mendez, P., Fang, L., Jablons, D.M. et al. Systematic comparison of two whole-genome amplification methods for targeted next-generation sequencing using frozen and FFPE normal and cancer tissues. Sci Rep 7, 4055 (2017).
　
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FFPEサンプルをWGAしてからのWES解析。 削除/引用
No.9035-1 - 2020/07/26 (日) 08:32:17 - WGA
とあるマイナーな癌のモデルマウスを解析しております。

人のデータを追加するために、Whole exome sequencingを検討しております。

FFPEのblockを確保したのですが、この癌は、微小なため、全ゲノム増幅しないとWES解析ができないものと考えております。以下の論文を見ると可能なのだと考えておりますが、いかんせん病変が微小なため、DNAが確保できるかも不明です。どなたかFFPEからのWGAをご経験の方いらっしゃいますか？


Mendez, P., Fang, L., Jablons, D.M. et al. Systematic comparison of two whole-genome amplification methods for targeted next-generation sequencing using frozen and FFPE normal and cancer tissues. Sci Rep 7, 4055 (2017).
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