お世話になります。
マウス 腫瘍サンプルで同定した変異遺伝子のヒトにおける変異頻度を、同じ癌腫のTCGAデータで調べたところ、すべての遺伝子がヒトでも変異している事がわかりました。
TCGAデータセットは500以上のサンプルを含み、 変異が見られた遺伝子は17,000以上あります。よって、マウスで同定された変異遺伝子(50個弱)がすべて、ヒトで変異していても 不思議はありません。17,000以上なので、そのほとんどはpassengerと思われ、マウスで変異が見られた50個弱の遺伝子もほとんどがpassengerと思われます。
SIFTやpolyphenを使ったアミノ酸レベルでの機能変化予測ではなく、実際のデータからpassenger変異 を推定できないかとの素人考えで、TCGAでの変異頻度と遺伝子サイズの相関を調べたところ、 これら50個弱の遺伝子においては、 かなり強い正の相関(R=0.86)がある事がわかりました。
Driver変異の場合、遺伝子サイズに関わらずホットスポットへの集積が予想されます。一方passengerの場合は遺伝子が大きいほどランダムな変異を獲得する頻度が高くなるのではと推測しているのですが、 その裏付けとなるエビデンスをうまく探せません。そこで、2点質問させて下さい。
(1)ヒトのがんサンプルで、遺伝子サイズと変異頻度の相関をゲノムワイドで調べた論文など、ご存知なら教えてもらえませんでしょうか? 探し方が悪いのか、自分では見つけられません。
(2)ヒト全遺伝子について、そのサイズ情報を一括してダウンロードできるようなデータベースをご存知でしたら教えてもらえませんでしょうか? 50遺伝子ならマニュアルでできますが、17,000となるとつらいです。
よろしくお願いします。 |
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