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(無題) 削除/引用 No.90-4 - 2012/03/01 (木) 08:25:29 - Harmonia １．原理を理解したうえでの質問ならその通り。原理を理解していないのであれば、何がどうなって何に変化する、という順序を１ステップずつ絵に描いて理解を深める。 ２．メチル化されていれば、100%検出されるという自信があるなら、観察事実の通り。100%されると言い切れないなら、処理が不十分などいろいろ理由はありそう。 ３．メチル化されていれば、100%観察されるという自信があるなら、観察事実の通り。100%観察される自信がなくても、再現性良くある割合になる自信があるなら、観察事実の通り。そうでなければ、誤差が大きすぎて観察値が信頼できないということになる。 ということで、再現性欲観察するために、どのような工夫が必要か、というところが論点のような気がします。

bisulfite処理の評価 削除/引用 No.90-1 - 2012/01/26 (木) 17:07:25 - メチル いつもお世話になっております。 ゲノムのある領域のメチル化の状態を調べています。 １．ゲノムDNAのbisulfite処理 ２．目的領域のPCRによる増幅 ３．PCR産物のTAクローニング ４．シーケンス の手順で解析しています。 質問１．C→Tの変換がほとんどなく、G→Aの変換ばかりです。 　　　　相補鎖側のみがメチル化されていないということなのでしょうか？ 質問２．CpG以外のところでもC→Tの変換がされないところがたくさんありま　　　　す。CpG以外の配列でもCがメチル化されることはあるのでしょう　　　　　か？それとも、bisulfite処理が不完全なだけでしょうか？ 　　　　 質問３．通常、bisulfite処理をしてもUに置換されない非メチル化Cはどの程　　　　度あるのでしょうか？ 素人な質問かもしれませんが、どうぞ、皆様のお知恵をお貸しください。 よろしくお願い致します。

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