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MrBayesで分子系統樹が書けない トピック削除
No.8978-TOPIC - 2020/07/02 (木) 21:52:05 - mtBayes
いつも勉強させて頂いています。

MrBayesを用いて分子系統解析を行っているのですが、特定の配列アライメントで変な挙動を示していて系統樹を書けません。

ランを開始してしばらくすると、尤度が急激に変化し、一定の値を維持するか二値をいったり来たりします。Tracerで確認すると矩形波になります。スワッピングの成功率や提案の受理率がかなり低かったので、Tempをかなり下げたりパラメーターをいじったりしたのですが、改善しません。最尤法では系統樹を書けるので、アライメントの問題ではないと思うのですが...

このような事案に心当たりのある方がいらっしゃいましたら、ご教示いただければ幸いです。
　
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No.8978-6 - 2020/07/06 (月) 20:14:30 - mtBayes
橘さま

重ね重ねありがとうございます。

仰る通り、Beagleの問題だったようです。ソースコードから再インストールしても状況が変わらないPCがあったのですが、Beagleを削除した後、再インストールしたら挙動が改善しました。
mpiで実行するためには必要なライブラリだと勘違いしていました。

身近にベイズ法による分子系統解析に詳しい人がおらず困惑していた所、アドバイスを頂き本当に助かりました。また、私自身にとってもMPI環境の設定含め大変勉強になりました。

(無題) 削除/引用
No.8978-5 - 2020/07/05 (日) 21:49:32 - 橘
HomebrewだとBeagleライブラリを使用する設定でコンパイルされるはずです。
MrBayesでCPUしか使わない場合、Beagleライブラリは使用しない方が安定して動きます。
おそらくそれが原因ではないでしょうか。

解決？しました 解決済み 削除/引用
No.8978-4 - 2020/07/04 (土) 20:57:52 - mtBayes
あれから長めにランしたりMPI環境構築してみたりしたのですが解決せず、インストールし直したら問題なく解析できるようになりました。

HomeBrewでインストールしたものを使っていたのですが、それを削除してGitHubにてダウンロードしたソースコードでインストールし直したら上手く行くようになりました。結局のところ、上手くいかなかった原因はよくわかりませんが、無事解析できるようになりましたので解決とさせて頂きます。

それにしても、HomeBrewでインストールしたものとソースコードでインストールしたもので挙動が変わることはあるのでしょうか。。。

(無題) 削除/引用
No.8978-3 - 2020/07/03 (金) 12:26:21 - mtBayes
橘さま

コメントありがとうございます。
バージョンはMrBayes 3.2.7a x86_64です。
置換モデルはWAG+G、世代数は（とりあえず）1,000,000、samplefreqは100です。それ以外の数値は基本的に変更していません。
この設定で走らせると大体100,000世代あたりで矩形波になります。

ちなみに、インストールした時点では正常に使えていました（尤度が上下に擾乱されていた）。そのときに解析したデータで試しに再解析してみたところ、以前と異なり矩形波になるようになりました。

(無題) 削除/引用
No.8978-2 - 2020/07/03 (金) 01:11:51 - 橘
使用したバージョンと、MCMCおよびMCMCPの設定を全部書いて下さい。

今のバージョンのMrBayesなら、autotuneがあるのでTempとか設定は必要ないです。
その辺を弄っても解決しません。
むしろ、NGenを思い切り延ばすとかした方が良いですよ。
Tracer使ってるならMCMCDiagn=NoにしてASDSF計算を無効にすると多少高速化します。
MPI使える環境ならMPI有効化してコンパイルし、CPU沢山使って下さい。
ただし、NRuns*NChainsの数までしか使えませんので、mpirunでの使用CPU数とNRuns*NChainsの数が揃うようにして下さい。

MrBayesで分子系統樹が書けない 削除/引用
No.8978-1 - 2020/07/02 (木) 21:52:05 - mtBayes
いつも勉強させて頂いています。

MrBayesを用いて分子系統解析を行っているのですが、特定の配列アライメントで変な挙動を示していて系統樹を書けません。

ランを開始してしばらくすると、尤度が急激に変化し、一定の値を維持するか二値をいったり来たりします。Tracerで確認すると矩形波になります。スワッピングの成功率や提案の受理率がかなり低かったので、Tempをかなり下げたりパラメーターをいじったりしたのですが、改善しません。最尤法では系統樹を書けるので、アライメントの問題ではないと思うのですが...

このような事案に心当たりのある方がいらっしゃいましたら、ご教示いただければ幸いです。
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