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ウエスタンブロッティングの熱処理でのサンプル劣化 トピック削除
No.8969-TOPIC - 2020/06/29 (月) 22:53:07 - けもも
よろしくお願いします。ウエスタンブロッティングを始めたてです。電気泳動を行う前に毎回95℃の熱処理を行っているのですが、サンプルがダメになることってありますか?またサンプルが蒸発して通常量よりも減少してしまったりしないのでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.8969-3 - 2020/06/30 (火) 07:19:14 - おお
酸化するような状況、pHがかなり低い(どのくらい低いといけないかは言えないが)などの状況でなければ大抵は蛋白自体は変化ないと思いますが、なにか特殊なModificationがあるなら状況が違うかもしれません。

ただし、非常に疎水性の高い蛋白はボイリングでアグリゲーションを起こすことがあり、予想より遥かに高い位置で検出されたりすることがあります。そういう場合はボイリングをさけるといい場合があります。とはいってもSDSがしっかり蛋白を変性して結合してくれないといけないので、ある程度の温度で加熱するとか、一晩冷蔵庫に入れっぱなしとか、、、蛋白、人によっていろいろです。

加熱による揮発は、密閉性の高いチューブなら加熱中は大丈夫でしょう。その後すぐに蓋を開けたりしないで室温で遠心したりして蓋なのについた水滴など落としてしまうといいでしょう。Boiling proofの1.5 mlチューブもBoiling proofだからと格段に高いわけでもなく売っているし、PCRチューブでPCRマシーンでやっちゃえばよほど不良品のチューブでない限り、揮発して水分がなくなることはないでしょう。加熱後、室温に戻して1分ぐらいIncubationするぐらいのプログラムにしておけば蓋を開けてとんでいくということもないでしょうし。ま開ける前に一度スピンぐらいはやったほうがいいですけど。

個人的にはあまり温度が高いと水滴が蓋に上がってきたりもするので、65度から70度で処理してます。

(無題) 削除/引用
No.8969-2 - 2020/06/30 (火) 02:47:37 - cvbんk
1. SDS/熱処理後の問題

加熱処理は1度したサンプリは以後は泳動のたびに毎回する必要はありません。(蒸発して減っていきます。還元剤もへたってきますのでいいことありません)

処理後のサンプルでプロテアーゼ等が働いで分解したり脱修飾が起こるようなことは一般的にはとても起こりにくいと思います。ただrenatureしたり熱耐性酵素もあるので絶対ないとは言い切れないですが。
作成してから時間が経ったり特になんども凍結融解したりしたものや、溶液状態で長く保存したりすると還元剤がだんだん働かなくなってきて、いったん切れたジスルフィド結合やチオエステル結合が再酸化してタンパク質が変なふうに重合して泳動パタンがスメアーになったり高分子量化することはあります。このような時は還元剤を追加すると元に戻ります(再加熱は不要)。

2. サンプルの蒸発
加熱で水分が水蒸気になるので、加熱直後はチューブ株の液量は減ります。そのままで使うと濃度が予定より高くなってます。元々の液量が少ない時は特に影響大きいです。でもあまり気にせずにやってしまっている人も少なくないです。この問題については下記のようにすれば良いです。
加熱時は蓋が開かないように重しを乗せてください。加熱後は蓋を開けずに手で普通に触れるくらいまで冷ましたら30秒くらい遠心して蓋の内側や壁についた水滴を下に落としてください。軽くボルテックスして再度数樹秒遠心してください。多分この段階で当初の液量と見た感じ同じくらいになってるはずです。なお遠心はテーブルトップの簡易型の小型遠心機でOKです。

ウエスタンブロッティングの熱処理でのサンプル劣化 削除/引用
No.8969-1 - 2020/06/29 (月) 22:53:07 - けもも
よろしくお願いします。ウエスタンブロッティングを始めたてです。電気泳動を行う前に毎回95℃の熱処理を行っているのですが、サンプルがダメになることってありますか?またサンプルが蒸発して通常量よりも減少してしまったりしないのでしょうか?

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