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(無題) 削除/引用 No.8968-3 - 2020/06/30 (火) 19:07:30 - 橘 配列を減らしたければ、VSEARCHやCD-HITを用いて90%以上一致する配列を1本にまとめればいいでしょう。 これは一般的な操作ですから特段ツッコまれることはないと思います。 再解析はあまり意味なさそうに思えました。 絶対ダメというわけではないですが、何を基準にしてどう考えてそうやってるのか説明できないようならやめた方がいいと思います。 むしろ、大きく2つに分かれるところが最初の遺伝子重複イベントを表してそうですから、それを利用して有根化したらいいのでは。 その最初の分岐でクエリ側の系統が全部クエリと同じ機能を持つと言えるのかどうかは怪しそうですが、議論の中でそれに依存した主張をしていなければ問題にはならないと思います。

(無題) 削除/引用 No.8968-2 - 2020/06/30 (火) 15:59:53 - tris 再解析しなくても一部に注目すればよいだけでは？ 系統樹の枝を刈るのは恣意的と見られると思います。明確に分かれるならグループとしてまとめて表示するとか見せ方の工夫でなんとかしたほうが良いと思います。

系統樹作成について（タンパク質の選び方） 削除/引用 No.8968-1 - 2020/06/29 (月) 19:13:06 - B4 ホモログタンパクの系統樹を作ろうと思います。 ブラストで候補タンパク質を抽出して作成しようとしましたが、探索範囲を広めに設定しているため（遠いホモログも加えたい）数が多すぎて困っています。 適当に作為的に選んで作成するしかないとは思いますが、減らし方に何かいい方法はありますでしょうか。 また、少し別の質問になりますが、系統樹作製にあたって以下の操作に問題がないか教えてください。 ブラストで得られた候補タンパク質すべてを用いて系統樹を作製したところ、大別して２グループに分かれました。 クエリ配列と同じ系統グループに属するタンパク質は機能未知（希望的観測ではクエリ配列と同じ機能）が多く含まれる一方で、もう一方のグループはアノテーションは別の機能がはっきりしているタンパク質が多くみられました。 そこで、系統樹解析を一度行った結果を用いて、さらにクエリ配列と同じ系統グループに属するタンパク質のみを持ちいて、再度系統樹解析を行ってそれらしい系統樹が得られました。 系統樹はクエリ配列の機能と同じ機能を持つと推定されるタンパク質の系統解析結果、として使いたいと思っております。 ブラストで引っかかってくるものすべてを満遍なく用いずに、一部、それも系統樹解析を一度行った結果を用いて選別をかけた配列のみを用いて、このような結果としても問題はないでしょうか？ 何か方法論で役立つような書籍や論文の例など、ご意見をお聞かせいただければ幸いです。

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