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長波長励起のタンパク質 トピック削除
No.8945-TOPIC - 2020/06/22 (月) 19:20:54 - とまと
650nm付近の長波長で励起される蛍光分子をご存知ありませんか？
FACSですとAPC（Allophycocyanin）、Cy5、Cy7などが使われますが、細胞のゲノムに導入して過剰発現をさせたい場合はこれらに近い色の蛍光分子としてどんな遺伝子があるのでしょうか。

もしかして今までこの波長域の蛍光分子はあまり扱われてきませんでしたかね。
下記の論文はわりかし最近のものですが、例えばこれなんかが使えるのでしょうか。
A far-red fluorescent protein evolved from a cyanobacterial phycobiliprotein
　
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.8945-7 - 2020/06/23 (火) 20:03:10 - とまと
toto様

ありがとうございます。
smURFPを実際の使用感もとても参考になりました。
iRFP670とTDsmURFPを手配いたしました。

(無題) 削除/引用
No.8945-6 - 2020/06/23 (火) 16:42:15 - toto
ビリベルジンは生体内にありますので、培養でも個体でも添加する必要はないです。原報でも出ていますが、近赤外なので特に個体で有用です。

輝度については、顕微鏡での励起波長とフィルタ設定、また、精製標品と細胞内、個体内でかなり変化するので、論文の数値と実感にはずれがあります。自分の測定条件で試すしかないところです。smURFPの値、あんまり実感とあいません。mKate2、最近よく見ますが、とくに比較検討の結果というわけではないと思います。

(無題) 削除/引用
No.8945-5 - 2020/06/23 (火) 15:06:34 - とまと
toto様

書き忘れました。
ビリベルジンは哺乳類内在色素とのことなので、マウスの細胞のin vitro培養でも特別何も添加することなく蛍光が得られると考えてよろしいですよね？

(無題) 削除/引用
No.8945-4 - 2020/06/23 (火) 15:04:45 - とまと
おお様
いつもありがとうございます。本当に様々なことを広くご存知で、いつも助けられております。
IFP1.4、iRFP、PSmOrange あたりが該当しそうですね。

toto様
ありがとうございます。非常に有用なサイトですね！
iRFP670とsmURFPを試してみようかと思います。
輝度はiRFP670：12.54、smURFP：32.4
なのでsmURFPの方が明るいのですね。

本題とはずれますが、今tdTomatoとEGFPを使っていて、tomatoの方はかなり明るいと感じていましたがこのサイト上でも輝度がかなり上位なんですね。小さいもののライブイメージングをしているので、緑も明るいものに変えようかなとおもいました。
最近よく見るmKate2の輝度がさほど高くないのは意外でした。

(無題) 削除/引用
No.8945-3 - 2020/06/23 (火) 09:57:10 - toto
前も出ましたが、蛍光蛋白のリストは
https://www.fpbase.org/table/
を使ってます。励起波長でソートすると見やすくなります。650励起で使えるのはビリベルジンを蛍光基にするものが20種類くらいあり、iRFP670あたりが良く使われてると思います。これはdimerでさすがに割と明るいです。monomerのmiRFP670もありますが、dimerより当然ながら輝度は落ちます。smURFPも同じような印象です。この表のBrightnessを比較すると大まかな明るさの見当がつきます。

(無題) 削除/引用
No.8945-2 - 2020/06/22 (月) 23:35:36 - おお
nic.ucsf.edu/dokuwiki/doku.php?id=fluorescent_proteins
www.nature.com/articles/nmeth.3935

検索してみました。

長波長励起のタンパク質 削除/引用
No.8945-1 - 2020/06/22 (月) 19:20:54 - とまと
650nm付近の長波長で励起される蛍光分子をご存知ありませんか？
FACSですとAPC（Allophycocyanin）、Cy5、Cy7などが使われますが、細胞のゲノムに導入して過剰発現をさせたい場合はこれらに近い色の蛍光分子としてどんな遺伝子があるのでしょうか。

もしかして今までこの波長域の蛍光分子はあまり扱われてきませんでしたかね。
下記の論文はわりかし最近のものですが、例えばこれなんかが使えるのでしょうか。
A far-red fluorescent protein evolved from a cyanobacterial phycobiliprotein
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