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脊椎動物の総遺伝子数 トピック削除
No.894-TOPIC - 2012/09/04 (火) 00:13:59 - 通りすがり
　先日ゲノムデータベースを見ていて疑問に思ったのですが、脊椎動物の総遺伝子数はおよそ 2〜3万個程度でほぼ一定していました。生物種によってもっと遺伝子数がばらついていてもいいようにも感じるのですが、なぜ 2〜3万個程度なのでしょうか？特に硬骨魚は倍数化していることもあってもっと多くても不思議はない気がします。ゲノミクスに関しては素人なので的はずれな質問かもしれませんが、ご回答よろしくお願いします。
　
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No.894-8 - 2012/09/05 (水) 22:50:19 - 通りすがり
　ご回答ありがとうございます。

　多種との染色体領域の対応関係などを調べてみないと確かなことは言えなさそうですね。パラログの比較や他種脊椎動物の遺伝子との対応関係を調べてみればそのあたりのこともいろいろ分かりそうです。もう少し詳細に見てみようかと思います。

　ありがとうございました。

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No.894-7 - 2012/09/05 (水) 11:13:08 - ~
>実際にはヒトとゼブラフィッシュでそれほど遺伝子数が違わなかったのでどうしてかな？

@ヒトとゼブラフィッシュで１：１の関係にあるオルソログ数
A前項に該当しない両種の遺伝子数
Bゼブラフィッシュのパラログ数
あたりを調べれば傾向がわかるのではないでしょうか。

ヒトにある遺伝子で、ゼブラフィッシュにオルソログがない遺伝子はありますし、ゼブラフィッシュですべての遺伝子にパラログがあるわけでもありませんよね。

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No.894-6 - 2012/09/05 (水) 00:37:51 - おお
うーんと、とくにその事例について詳しくないんですけど、遺伝子総数をどのようにして数えたのか、偽四倍体でどの程度倍化した染色体がidenticalなのかなど考慮に入れているのかなど突っ込んでみていかないとなんともいえないのでは、、、シュードジーンも多いかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.894-5 - 2012/09/04 (火) 22:01:50 - 通りすがり
ご回答ありがとうございます。

　すみません、表現が悪かったので訂正します。“硬骨魚は倍数化していることもあって”というのは硬骨魚が進化の初期に倍数化を経て偽四倍体になっているということです。以下に参考にした論文を載せています。

Amores, a. et al. Science 282, 1711–4 (1998).

　Whole genome duplication が起こっているなら、他種の脊椎動物よりゲノムに含まれる総遺伝子数が多いのが自然な気がしたのですが、実際にはヒトとゼブラフィッシュでそれほど遺伝子数が違わなかったのでどうしてかな？と思いまして。

　よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用
No.894-4 - 2012/09/04 (火) 12:22:21 - おお
染色隊の倍加についてはAPさんと同じように考えています

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No.894-3 - 2012/09/04 (火) 10:03:01 - AP
>硬骨魚は倍数化していることもあってもっと多くても不思議はない気がします。

ゲノムの原義に従えば、ploidyによって遺伝子の数が倍加するということにはならないと思うが（3n, 4nであっても、ゲノムとはnに相当するもの）。

(無題) 削除/引用
No.894-2 - 2012/09/04 (火) 05:51:54 - おお
遺伝子の数を生物ごとであまりちゃんと検討していないので感覚だけで書きますけど、脊椎動物というシステムを維持するのにその大部分の遺伝子が必要だということではないでしょうか。あとは遺伝子はたいていの場合突然ふっとできるものではありません(ラテラルに取り込まれない限り)。変異、重複などのコンビネーションで増えるものは可也あります。なのでプリミティブな脊椎動物が持っているものがベースになっているはずですね。そのベースに重複したり、不必要なものはなくなったりしているとも考えられられます。

脊椎動物の総遺伝子数 削除/引用
No.894-1 - 2012/09/04 (火) 00:13:59 - 通りすがり
　先日ゲノムデータベースを見ていて疑問に思ったのですが、脊椎動物の総遺伝子数はおよそ 2〜3万個程度でほぼ一定していました。生物種によってもっと遺伝子数がばらついていてもいいようにも感じるのですが、なぜ 2〜3万個程度なのでしょうか？特に硬骨魚は倍数化していることもあってもっと多くても不思議はない気がします。ゲノミクスに関しては素人なので的はずれな質問かもしれませんが、ご回答よろしくお願いします。
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