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PNGaseF (NEB) トピック削除
No.8893-TOPIC - 2020/06/07 (日) 05:51:49 - NEB
質問があります。
Fc融合タンパク質上の糖鎖構造を解析する目的で、PNGaseF処理を行いました。
コントロールとしてはPNGaseFを加えなかったものをネガコンにしました。

その後、更に2つに分け(合計4サンプル)、一方には還元剤を加え、もう一方には還元剤を加えないSDSサンプルバッファーを加えて、CBB染色を行いました。

1. PNGaseF -, 還元剤 -
2. PNGaseF +, 還元剤 -
3. PNGaseF -, 還元剤 +
4. PNGaseF +, 還元剤 +

このFcタンパク質はダイマーとなるので、還元剤を加えない限り、110kDのバンドを示すことがわかっていますが、結果は1と3で50kD付近のバンドが出て、2と4では40kDのバンドがでました。

私は1では110 kDのバンドが出ると思っていたので驚いています。
これはPNGaseF(NEB社)のdenaturing bufferに還元剤が入っていることを示しているのでしょうか?
調べてもバッファーの組成まで出てきませんので、もしご存知の方がいらっしゃいましたら、既知のことかそうでないかを教えていただけると幸いです。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.8893-6 - 2020/06/08 (月) 11:50:48 - えっと
あの、Fc融合タンパク質でのPNGaseF処理に関してですが、Fc部位のN型糖鎖を単に観ている可能性が高いのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.8893-5 - 2020/06/07 (日) 07:31:48 - NEB
DDT様、おお様、
ありがとうございます。
なんということでしょう...添付文書に書かれてなかったと思っていましたが、情報が開示されていたとは...
大変未熟さを露呈させてしまいましたが、ありがとうございました。
とても助かりました。

(無題) 削除/引用
No.8893-4 - 2020/06/07 (日) 07:05:23 - おお
以下のように書いてますね

1X Glycoprotein Denaturing Buffer
0.5% SDS
40 mM DTT

1X NP-40
1% NP-40 in MilliQ-H2O
Reaction Conditions

1X GlycoBuffer 2
Incubate at 37°C

1X GlycoBuffer 2
50 mM Sodium Phosphate
(pH 7.5 @ 25°C)
Storage Temperature
-20°C
Storage Conditions

20 mM Tris-HCl
50 mM NaCl
5 mM EDTA
50% Glycerol
pH 7.5 @ 25°C
Heat Inactivation
75°C for 10 min
Molecular Weight
Apparent: 36000 daltons

(無題) 削除/引用
No.8893-3 - 2020/06/07 (日) 06:52:39 - DTT
https://international.neb.com/products/p0704-pngase-f#Protocols,%20Manuals%20&%20Usage_Datacards

(無題) 削除/引用
No.8893-2 - 2020/06/07 (日) 06:51:26 - DTT
付いてきてる反応液に0.4MDTTが入ってますよ。
Reagents Supplied with Enzyme:10X Glycoprotein Denaturing Buffer: (5% SDS, 0.4 M DTT)

PNGaseF (NEB) 削除/引用
No.8893-1 - 2020/06/07 (日) 05:51:49 - NEB
質問があります。
Fc融合タンパク質上の糖鎖構造を解析する目的で、PNGaseF処理を行いました。
コントロールとしてはPNGaseFを加えなかったものをネガコンにしました。

その後、更に2つに分け(合計4サンプル)、一方には還元剤を加え、もう一方には還元剤を加えないSDSサンプルバッファーを加えて、CBB染色を行いました。

1. PNGaseF -, 還元剤 -
2. PNGaseF +, 還元剤 -
3. PNGaseF -, 還元剤 +
4. PNGaseF +, 還元剤 +

このFcタンパク質はダイマーとなるので、還元剤を加えない限り、110kDのバンドを示すことがわかっていますが、結果は1と3で50kD付近のバンドが出て、2と4では40kDのバンドがでました。

私は1では110 kDのバンドが出ると思っていたので驚いています。
これはPNGaseF(NEB社)のdenaturing bufferに還元剤が入っていることを示しているのでしょうか?
調べてもバッファーの組成まで出てきませんので、もしご存知の方がいらっしゃいましたら、既知のことかそうでないかを教えていただけると幸いです。

よろしくお願いします。

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