Bio Technical フォーラム

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qPCR トピック削除
No.8892-TOPIC - 2020/06/07 (日) 01:16:06 - HT
よろしくおねがいします.

とある神経疾患のバイオマーカーの探索をしております.
疾患群と健常対照群の血清から抽出したmiRNAを使ってRNAarray解析を行いました.
差のあるとぼしき8個のmiRNA(p<0.10)について別の検体でqPCRによるvalidationを試みているのですが(サーモ社のprimer kitを使用),8個のうち4個はqPCRがかからなくて検証できない状況です.残りの4個はqPCRが掛かりそうで,1個については有意差が確認できております.3個はこれからです.

1.条件を変えるなどしてqPCRがかかるようにできるものでしょうか?
2.1個しか有意差が出なかたような状況でも論文になりますでしょうか?
3.論文にするときにこの掛からなかったmiRNAについては,記載した方が良いものですか?
4.PCRが掛からなかったことは,どんな言い訳をすればレビューアーに了解してもらえるものでしょうか?

限られた研究費の中なので,いろいろな事はできない状況ではありますが,どうにか論文になるように努力しているところです.
詳しい方,ご教示いただければ助かります.
よろしくお願いします.
 
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(無題) 削除/引用
No.8892-2 - 2020/06/07 (日) 02:29:57 - おお
>[Re:1] HTさんは書きました :

>
> 1.条件を変えるなどしてqPCRがかかるようにできるものでしょうか?

それはできるかもしれませんけど、同じ条件で全部やらないと比較ができないですよ。また検出限界があるという現実も考慮してください。

> 2.1個しか有意差が出なかたような状況でも論文になりますでしょうか?

それは論文の主張次第です。その一つのmiRNAがマーカーとして使えるという主張はわからなくはないです。

> 3.論文にするときにこの掛からなかったmiRNAについては,記載した方が良いものですか?

実験デザインが八例で、結果が4例ってどう考えても無理があります。論文に投稿する以前に、すべての例の結果をみて考察するものであってそれは投稿した実験に関しても一緒でしょう。またかからなかったことに関してよく考えてみてください、検出限界以下は0として計算するという意見もあるにはあります。

> 4.PCRが掛からなかったことは,どんな言い訳をすればレビューアーに了解してもらえるものでしょうか?

言い訳というか科学的分析でしょう。実験系がちゃんとしている事、それが最低限のことです。インターナルコントロールなどがちゃんと検出できているかなど。その上でかからないことが何を示しているかです。発現量を反映しているのですよね。その上で科学的な分析をしたことについてレフェリーが意見するわけで、その土俵までとりあえず上がってください。

qPCR 削除/引用
No.8892-1 - 2020/06/07 (日) 01:16:06 - HT
よろしくおねがいします.

とある神経疾患のバイオマーカーの探索をしております.
疾患群と健常対照群の血清から抽出したmiRNAを使ってRNAarray解析を行いました.
差のあるとぼしき8個のmiRNA(p<0.10)について別の検体でqPCRによるvalidationを試みているのですが(サーモ社のprimer kitを使用),8個のうち4個はqPCRがかからなくて検証できない状況です.残りの4個はqPCRが掛かりそうで,1個については有意差が確認できております.3個はこれからです.

1.条件を変えるなどしてqPCRがかかるようにできるものでしょうか?
2.1個しか有意差が出なかたような状況でも論文になりますでしょうか?
3.論文にするときにこの掛からなかったmiRNAについては,記載した方が良いものですか?
4.PCRが掛からなかったことは,どんな言い訳をすればレビューアーに了解してもらえるものでしょうか?

限られた研究費の中なので,いろいろな事はできない状況ではありますが,どうにか論文になるように努力しているところです.
詳しい方,ご教示いただければ助かります.
よろしくお願いします.

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