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(無題) 削除/引用 No.889-4 - 2012/09/04 (火) 20:27:45 - toyo 「stand alone blast gui」で少しググっただけですが、いくつか見つかりますね… maltabでguiを作った奇特な方がいるようです… ttp://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/7039-gui-for-basic-local-alignment-search-tool-blast pythonにもあるようですね… ttp://www.genesdigitales.com/guiblast/ binaryで配布されているものもあるようです。 ttp://code.google.com/p/prfectblast/ 私自身は試していないですが、matlabやpythonに詳しくないならば3番目のものから試すと良いのではないでしょうか。 しかし結局のところ、GUIはCUIに皮をかぶせただけなので、設定等で詰まったときにCUIが使えないと問題を解決できないかもしれません。 最初のうちは慣れないかもしれませんが、CUIを使えるようになっておくと後々便利かと思います。

(無題) 削除/引用 No.889-3 - 2012/09/04 (火) 17:57:59 - あかね m様、 コメントありがとうございます。 ひきつづき、GUIで動くstand alone blastをご存知のかたいらっしゃいましたら、コメントお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.889-2 - 2012/09/02 (日) 10:00:26 - M Local Blastしたいってことですよね？ http://togotv.dbcls.jp/20110119.html http://togotv.dbcls.jp/20110225.html

マイナーなゲノムに対するBLAST 削除/引用 No.889-1 - 2012/09/01 (土) 23:30:35 - あかね M.m.CastaneusやMus.Spretus等のマイナーなマウスゲノムのwhole genome sequenceは既に終了しており、サンガーなどのデータベースで生のsequenceデータ(Fasta形式）をダウンロードすることも可能です。 今回、あるリピート配列（250 bp程度）をC57BL6からクローニングし、その配列が別のマウス（ここではCastaneus, Spretus)間でどの程度保存されているかを確認したいと思っています。ちなみに、そのリピート配列はマウスのゲノム上に数万コピーあり、C57BL6のゲノム内でもある程度のバリエーションがあります。そのバリエーションが他のマウスでどのように変化しているか調べたいのですが、どうすれば良いのか途方に暮れいています。 データベースを指定して（この場合は、CastaneusあるいはSpretusのゲノムリード）、BLASTをすることは可能でしょうか？ あるいはシーケンスの生データをダウンロードして自分のPCでBLASTするのも手かと思いますが、そのマニュアルやインストラクション等が載っているサイトを教えてください。 みなさんのご協力お願い致します。

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