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(無題) 削除/引用 No.8866-9 - 2020/05/26 (火) 08:52:21 - たろすけ >>SYBR master 様 ご返信が遅れ申し訳ありませんでした。 ご回答いただきありがとうございます。 加熱/冷却スピードが速すぎるとアニーリング温度の設定がシビアになりそうですね。機種によりそこまで設定できるとは知りませんでした。 温度制御のクオリティについても機種差があるとのこと、勉強になりました。

(無題) 削除/引用 No.8866-8 - 2020/05/22 (金) 18:27:39 - SYBR master PCR機器で差が出ることが多いのは、ramp spped または rateと呼ばれる加熱もしくは冷却速度で、(°C/sec)で表示される部分です。機種によって早かったり遅かったりします。PCRが機種を変えると上手くいかなくなる原因とされています。機械のスペック表に書いてあることが多いですので、調べておくと良いです。 ABIの機種は大体設定できたはずです。 BioRadのT100は設定できます。 DiceのGradientは、遅くするのは設定できます。 primerの設計次第では、ramp speedが早すぎて増えない物はありました。逆に遅すぎて増えないprimerは無かったかのように記憶しています。 あと、昔の機械に多いのですが、加熱または冷却の時に、設定温度を過ぎてしまう問題があります。オーバーシュートまたはアンダーシュートと呼ばれていたと思います。これも、PCRサイクルの設定に違いが出やすいので、注意が必要です。

(無題) 削除/引用 No.8866-7 - 2020/05/22 (金) 13:44:49 - たろすけ 皆様、早々にご回答いただき誠にありがとうございました。 >>あるひと　様 一先ずサーマルサイクラーを使用するのは私一人ですが、今後のことを考えればメモリーバックアップは便利ですね。 セキュリティーの件についても勉強になりました。 私もグラジエント機能は使用したことがないのですが、DEMOで使用してみたいと思います。 >>h　様 教えていただきありがとうございます。 グラジエント機能よりブロックが分かれているほうが使い勝手が良さそうですね 候補に追加したいと思います。 >>toto　様 仰る通り、DEMO要請してみたいと思います。 ご教示いただきありがとうございました。 >>774　様 学生時代は「ルーチンではこの機種、この増幅領域の際はこの機種・・・」というように経験則的に使い分けていたので納得しました。 得意不得意、適材適所があるということですね(大げさ？)。 何かしらプライマーを用意してDEMOに挑んでみます。

(無題) 削除/引用 No.8866-6 - 2020/05/22 (金) 13:14:00 - 774 > 特定の機体でしか増幅が成功しないケース 機種によってフタの温まり方に差があってその影響を受けやすいか否か、というのは経験があります。機種AはダメでBならいけるというものも、逆のパターンもあったので物によって使い分けていました。 サーマルサイクルのデザインによって傾向があるわけでもなく(厳密に検討すればあるかもしれないが)、特定のプライマーの特定のサーマルサイクルで不適な機種があった、という感じです。 なので今プライマーが用意できて試せるものはデモ機を借りてやってみて、あまり先々の分は気にしても仕方ない(対応しようがない)。

(無題) 削除/引用 No.8866-5 - 2020/05/22 (金) 12:36:35 - toto 前の同様の質問の時にも書いたのですが、高い買い物で長く使うことになるので、実際に両機をデモで貸し出してもらって、実際に増やしてみた方がいいです。業者はやってくれますよ。

(無題) 削除/引用 No.8866-4 - 2020/05/22 (金) 12:11:20 - ｈ どっちかでいうとT100だけど、Thermo の MiniAmp の方がすきです。 gradientよりもブロックで温度変えて違うプライマーかけたりするので。

(無題) 削除/引用 No.8866-3 - 2020/05/22 (金) 12:07:41 - あるひと ご質問の件ですが、特に違いを感じたことはありません。 ただ、グラジェントを使われる方ですと、あるかもしれません。 私はグラジェントはめったに使わないです。

(無題) 削除/引用 No.8866-2 - 2020/05/22 (金) 12:04:35 - あるひと 両方持っている研究室の者です。 画面の表示のわかりやすさという点で、個人的には T100が好きです。 あと、めったに行わないのですが USBメモリーでサイクル条件をバックアップすることがあります。 TakaraはウインドウズCEで動いているので 万が一、ウィンドウズを標的にしたウイルスがUSBメモリーから入ったら・・・と、ちょっと思っています。

サーマルサイクラーの違いによるPCR成功率 削除/引用 No.8866-1 - 2020/05/22 (金) 10:33:05 - たろすけ 初めて質問させていただきます。 企業にて遺伝子関連の研究をスタートアップしようとしているものです。 具体的には大腸菌、乳酸菌、Bacillus等のBacteriaの遺伝子組み換え、ゲノム編集を考えており、将来的には植物のゲノム編集にも取り組もうと思っております。 まずは機器類をそろえているところでして、 下記2種のうち、どちらのサーマルサイクラーを購入するかで悩んでおります。 ・Takara PCR Thermalcycler Dice®　Gradient ・Biorad T100™ サーマルサイクラー どちらもポピュラーな機種かと思いますので、どちらでもいいといえばそれ迄ですが、これらの機種の違いによってPCRの成功率が変わることはあるか？という1点だけ気がかりです。 というのも、学生時代の記憶では研究室に数台あるサーマルサイクラーのうち特定の機体でしか増幅が成功しないケースが”稀によく”あったように思います(私の技術的な拙さ故かもしれませんが)。 PCR成功率という観点からおすすめの機種があれば(この2機種以外でもかまいませんので)ご教示いただければ幸甚です。 また「気にしすぎ」というご意見があればそれも伺いたく存じます。 よろしくお願いいたします。

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