マウス（C57BL6/J）の腫瘍切片と同一マウスの正常組織切片から抽出したゲノムDNAを用い、完全外注ではありますが、初めてwhole exome sequencingを行いました。お恥ずかしい事に、外注業者さんからの報告書の内容が十分理解できず、ボスも含め身近にNGSに精通している者がいないため困っています。初歩的な質問になりますが、業者さんに問い合わせる前にここで質問させて頂きたいと思います。 よろしくお願いします。
業者さんからの報告書によると、SureSelectXT Mouse All Exon kit (Agilent Technologies)を用いてexon captureを行なったと記載されており、”target”にmapされたリードの割合は45-50%、”target”のcoverageは10x以上で読まれた部分で98.6-99.1%となっています。一方、somatic SNVとして報告される数を見ると、exonic SNVは全体の2-8%程度で、intergenic、intronic、ncRNA領域のSNVがトータルで８割を占める結果になっています。”target”の定義がよく分からない（intergenic、intronic、ncRNA領域を含んでいる？）ので、Agilentのサイトを見てみましたが、”derived from Ensembl + RefSeq, designed against mm9 reference from UCSC”と記載されているだけでした。SureSelectのexon captureの原理から見て、”target”の定義は、キット内のビオチン化プローブライブラリの組成で決まるように思うのですが、サイト内にその詳細を見つけられませんでした。
仮に”target”がexon領域のみの場合、50%のリードがexonにmapされているにもかかわらずexonic SNVが2-8%という事になり、exonでの変異はnon-coding領域と比べて圧倒的に低頻度という理解になるのでしょうか？
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