Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

大腸菌のペレットが変 トピック削除
No.8863-TOPIC - 2020/05/21 (木) 13:00:08 - cori
標題のとおりなのですが、普通のmidi-prep用に培養した後、菌体を回収したところ、いつもより明らかに粘度があると言いますか、Sol.1で懸濁しようとしてもゼリー状が保たれたまま、ちょうどスライムをpipettingしてるかのような状態(伝わるでしょうか。どうにも上手く拡散してくれず、均一な懸濁液に中々ならない感じですね。ちょうど、Sol2を入れた直後のような粘度に似た感じ、という所でしょうか)になりました。

「うーん、失敗かなぁ、でもせっかくだから一応進めるか」と進めてみたところ、Sol.2-3後はまあまあ普通の状態で、最終DNA標品の濃度は至って正常だったのですが(まだ品質チェックはしていませんが…)、これって何かおかしなコンタミだったりするのでしょうか?

明らかにおかしなペレットになった原因等、分かる方いらっしゃいましたらご教示いただけるとありがたく存じます。

培養時間は、ちょっと長く取っちゃいましたが24時間未満なので、でたらめに長すぎることはないと思うのですが…。

よろしくお願いします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.8863-5 - 2020/05/22 (金) 08:19:22 - 一知半解
こういう厄介なプラスミドの場合は、いつもに比べて収率が増えたと思ったら欠失が入っていたということも経験していますので、気をつける必要があるように思っています。

対策としては、お書きになっているように30℃以下で培養することでプラスミドのコピー数を下げ、毒性を緩和することです(pUC系の多コピープラスミドの場合)。もちろん収率は落ちますが、プラスミドの量も質も安定します。

(無題) 削除/引用
No.8863-4 - 2020/05/22 (金) 04:12:21 - cori
一知半解さん、Plantさん、どうもありがとうございます。

なるほど〜、toxicなプラスミドによる溶菌…実にクサいプラスミドなので、まさにその通りですね!

むしろ、同じプラスミドで、前回の培養では菌体はまあまあ普通だったのに、収率が著しく悪かった(確かペレットもかなり小さかったような)のも、生育が阻害されていたからで、この手のプラスミドの場合、多少溶菌しようと長く培養するのが良さ気なのかもですね。

toxicなプラスミドの場合、低温で培養するといい、なんてtipsがあるんでしたっけ…?

色々調べてみようと思います。どうもありがとうございました!!

(無題) 削除/引用
No.8863-3 - 2020/05/21 (木) 17:04:10 - Plant
僕も,おそらく溶菌だと思います.なったことあります.
その時は,プラスミド自体の品質に特に問題はなかったと思っていましたが・・・(タンパク質は発現しましたので)

(無題) 削除/引用
No.8863-2 - 2020/05/21 (木) 13:50:26 - 一知半解
大腸菌にtoxicなプラスミドだと部分的に溶菌してそんなふうになることがあります。

大腸菌のペレットが変 削除/引用
No.8863-1 - 2020/05/21 (木) 13:00:08 - cori
標題のとおりなのですが、普通のmidi-prep用に培養した後、菌体を回収したところ、いつもより明らかに粘度があると言いますか、Sol.1で懸濁しようとしてもゼリー状が保たれたまま、ちょうどスライムをpipettingしてるかのような状態(伝わるでしょうか。どうにも上手く拡散してくれず、均一な懸濁液に中々ならない感じですね。ちょうど、Sol2を入れた直後のような粘度に似た感じ、という所でしょうか)になりました。

「うーん、失敗かなぁ、でもせっかくだから一応進めるか」と進めてみたところ、Sol.2-3後はまあまあ普通の状態で、最終DNA標品の濃度は至って正常だったのですが(まだ品質チェックはしていませんが…)、これって何かおかしなコンタミだったりするのでしょうか?

明らかにおかしなペレットになった原因等、分かる方いらっしゃいましたらご教示いただけるとありがたく存じます。

培養時間は、ちょっと長く取っちゃいましたが24時間未満なので、でたらめに長すぎることはないと思うのですが…。

よろしくお願いします。

5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。