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レトロウイルス消失の確認方法 トピック削除
No.8861-TOPIC - 2020/05/19 (火) 18:34:49 - Retro9
レトロウイルスベクターを用い培養細胞に遺伝子導入した後、シングルセルクローニングにより安定高発現株を樹立しました。この培養細胞を遺伝子組換え実験枠から外して使えるようにしたいのですが、ウイルス粒子が個残っていないことを証明する方法はありますでしょうか?
培養上清からのRT-PCRをするにしても、ゲノムに組み込こまれたウイルス配列からの転写物も混在して拾ってしまうように思います。
あるいは、ウイルス感染後の洗浄・希釈ステップからの計算により、ウイルス粒子は十分(例えば10の7乗以下)に希釈されて、ウイルスはないものとみなすなとどとしてよいのでしょうか?
みなさまのラボの運用方法を教えていただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。
 
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No.8861-6 - 2020/05/20 (水) 09:30:56 - ぷぅちゃん
みなさん本気ですか...

無いものを無いと証明する術はありませんよ...

(無題) 削除/引用
No.8861-5 - 2020/05/20 (水) 08:20:48 - 774
培養上清のin vitroのRT assayで。

(無題) 削除/引用
No.8861-4 - 2020/05/20 (水) 04:07:06 - おお
>培養上清からのRT-PCRをするにしても、

もしこれをするなら、ウイルスはEnvelopeでゲノムを囲んでいるので、DNase、RNase処理してからPCRすることになるだろうけど。

(無題) 削除/引用
No.8861-3 - 2020/05/19 (火) 23:43:04 - toto
これはその通り、施設の組み替え委員会での判断事項になるので、組み替えウイルスに厳しい製薬会社などではとっても不可能なことを要求されることもあります。大学の場合はMさんのところのように自動的に免除されるようになってるところが多いと思います。なってない大学もあるようですが。

(無題) 削除/引用
No.8861-2 - 2020/05/19 (火) 23:09:15 - M
安定発現株の培養培地を濃縮し、293Tへ感染させれば、残存ウイルス粒子を評価できそうですね。感染先でインテグレートしたプロウイルスのPCR(RNAのRT-PCRではなく)なら、インテグレーション機能を維持しているウイルス粒子を検出できるかと思います。

ちなみに、私の施設(海外)では、in vitroでreplication-incompetent/ecotropicのレトロウイルスベクターを感染する場合、ガン遺伝子を組み込んでなければ感染後の洗浄希釈だけでP2から下ろせるルールになっています。施設ごとにガイドラインがあると思うので、確認されると良いと思います。あるいは、施設の組み換え実験管理責任者に確認すれば確実でしょう。

レトロウイルス消失の確認方法 削除/引用
No.8861-1 - 2020/05/19 (火) 18:34:49 - Retro9
レトロウイルスベクターを用い培養細胞に遺伝子導入した後、シングルセルクローニングにより安定高発現株を樹立しました。この培養細胞を遺伝子組換え実験枠から外して使えるようにしたいのですが、ウイルス粒子が個残っていないことを証明する方法はありますでしょうか?
培養上清からのRT-PCRをするにしても、ゲノムに組み込こまれたウイルス配列からの転写物も混在して拾ってしまうように思います。
あるいは、ウイルス感染後の洗浄・希釈ステップからの計算により、ウイルス粒子は十分(例えば10の7乗以下)に希釈されて、ウイルスはないものとみなすなとどとしてよいのでしょうか?
みなさまのラボの運用方法を教えていただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。

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