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(無題) 削除/引用 No.8851-15 - 2020/05/16 (土) 15:37:05 - おお >[Re:14] 便乗さんは書きました : > PAGEっていうこともあり下の投稿の図だと > ゲル内の試薬濃度を下げる＝ゲル濃度を下げる > だけど 多分イメージとしては理解しているとは思いますが、ゲル内の試薬濃度というか、ゲルのアクリルアミド濃度でその他の濃度は変えない。 > PAGEでも分離ゲルに硬さの違いはありそうだし > アガロース電気泳動でもアガロース濃度＝硬さで > バンドを広げる域はあるのかな > 操作時間を短縮するという意味でvoltage変えるというのは聞きますが > 分離ゲルに硬さというけど、ゲルのポアサイズと言う方が正確でイメージが湧きやすいのでは？ https://agctsequencing.wordpress.com/2012/02/14/dna-fragments-resolve-better-on-correct-percent-agarose-gel/

(無題) 削除/引用 No.8851-14 - 2020/05/16 (土) 15:00:14 - 便乗 PAGEっていうこともあり下の投稿の図だと ゲル内の試薬濃度を下げる＝ゲル濃度を下げる だけど PAGEでも分離ゲルに硬さの違いはありそうだし アガロース電気泳動でもアガロース濃度＝硬さで バンドを広げる域はあるのかな 操作時間を短縮するという意味でvoltage変えるというのは聞きますが

(無題) 削除/引用 No.8851-13 - 2020/05/16 (土) 07:26:50 - gel 皆さん どしどしコメントありがとうございます。 ちきさんの5番コメント後半、「うおぉ〜、こんなことスラスラ語れるようになりてぇ〜」と思いましたが、必ずしもそうとは断言できるわけではないという感じでしょうか。 「なるほど〜、濃度を変えても、ちょうど、ゲル写真を画像処理ソフトで縦にビヨーンと伸ばすだけなイメージでしょうか。それなら確かに有意な違いはない気もしますね」とか書こうと思ってましたが、直感ではやっぱりゲル濃度を変えたらバンド間距離は如実に変わる気がしますしね。 独り言さんの例示されたよくみかける図を見て改めて思ったんですが、やっぱり、基本的には、separationを良くするためには、ゲル濃度を下げるのが一般的…というとまた語弊がありますが、第一手に浮かんでくるのが普通なんじゃないかなぁ、と思いました（私は下げる派）。 でもやっぱり分離パターンを見て最善のものを選ぶというのが正道ですね。 いろいろなコメント、どうもありがとうございました。とてもためになりました。

(無題) 削除/引用 No.8851-12 - 2020/05/15 (金) 13:22:02 - AP 泳動距離を長くする

(無題) 削除/引用 No.8851-11 - 2020/05/15 (金) 13:03:39 - 独り言 こういう図を見て、判断してます http://www.biorad.com/webroot/web/html/lsr/products/electrophoresis/product_overlay/global/electro_migration_pattern_tris_hci.html

(無題) 削除/引用 No.8851-10 - 2020/05/15 (金) 12:57:44 - 乙 ゲル濃度によって一番広がる分子量レンジが違うので、自分の見たいところ付近が一番よく広がるゲル濃度を選ぶのがいい。既成ゲル売ってる会社だと濃度別にゲルの分子量パタンが出てることがあるので参考になる。

(無題) 削除/引用 No.8851-9 - 2020/05/15 (金) 12:46:59 - asan 一般論として、 MWが低いレンジで分離したければ濃度を上げる。 MWが高いレンジで分離したければ濃度を下げて場合によっては泳動先端を超えて泳動してしまってよく分離できるようなデータをとる。 全体をできるだけ均一に分離したければgradient gel。 それ以外の解釈ってありますか？

(無題) 削除/引用 No.8851-8 - 2020/05/15 (金) 11:19:39 - ちき >[Re:5] ちきさんは書きました : > そして、ある範囲の分子量のタンパク質について移動度は分子量の対数に比例する、という最も単純な近似を適用した場合、この範囲内のタンパク質については「同じ地点まで泳動する限りにおいて」いくらゲル濃度を変えても分離は改善しない(もしゲル濃度の変化によって目的とするタンパク質が対数近似できる範囲外に出てしまえば分離は更に悪くなる)というのが理論的帰結になるはずです。 この部分はもうちょっと別の仮定も必要でした。取消します。

(無題) 削除/引用 No.8851-7 - 2020/05/15 (金) 10:45:44 - AP gradient gel

(無題) 削除/引用 No.8851-6 - 2020/05/15 (金) 10:37:26 - ちき 訂正 比例する -> 一次関数で表せる

(無題) 削除/引用 No.8851-5 - 2020/05/15 (金) 09:04:27 - ちき ゲル濃度が濃すぎても薄すぎても近接した二本のバンドが分離されないのはほぼ自明なので、一般論としてゲル濃度を上げるか下げるかというのは設問としておかしくて、どこかに分離を最大にする最適なゲル濃度が存在する、というのが直感的な答えだと思います。 そして、ある範囲の分子量のタンパク質について移動度は分子量の対数に比例する、という最も単純な近似を適用した場合、この範囲内のタンパク質については「同じ地点まで泳動する限りにおいて」いくらゲル濃度を変えても分離は改善しない(もしゲル濃度の変化によって目的とするタンパク質が対数近似できる範囲外に出てしまえば分離は更に悪くなる)というのが理論的帰結になるはずです。

(無題) 削除/引用 No.8851-4 - 2020/05/15 (金) 05:59:13 - おお >感覚的にはゲルのTopか三分の２ 感覚的にはゲルのTopから三分の２ 言いたいことが伝わらないと意味がない部分なので訂正を入れておきます。

(無題) 削除/引用 No.8851-3 - 2020/05/15 (金) 05:12:55 - gel おおさん コメントありがとうございます。やはりケースバイケースとしか言いようがない話なのかもしれませんね。 両者の直感が真逆だったので、「近接した2つのバンドの間隔を広げたい時、一般論として、ゲル濃度を上げる？下げる？」というアンケートでも取って、どちらが科学的センスがあるというか一般感覚に近いかを見てみたかったのですが、真に科学的な態度は「場合による」という回答一択という感じでしょうか。 泳動時間をいたずらに増やしても、劇的に有意には変わらないことが多いというのは、私も何となく直感としてありますね。やはりサイズに合った適切なゲル（濃度・大きさ）を、場合場合に応じてきちんと使い分けるというのが真摯な姿勢ですね。 どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8851-2 - 2020/05/15 (金) 04:31:41 - おお たとえばプレキャストなどでマーカーの流れを示した図がありますが、そういうイメージで見たいもののサイズあたりの泳動パターンでｋDaベースの間隔が一番広くなっているものを選ぶ。まあ感覚的にはゲルのTopか三分の２あたりのところ。それ以上濃度が高すぎても、低すぎても詰まってくるかんじ。 少し流す時間を延ばして（Dyeなど流しきったりして）バンドの間隔を稼ぐ人もいるようですけど、流しすぎると結局バンド自身が伸びたりして逆効果なことも。それならいっそ一回り大きいゲルで流したほうがうまく行ったりする。 げるに添加物入れたりするとドラスティックに変わることがあるのでそういうのを模索したいところだけど、あまり一般化されてなかったり、マイナーな方法論でいい方法を掘り出してこれるか微妙なところ。

ゲル濃度と分離 削除/引用 No.8851-1 - 2020/05/15 (金) 02:39:51 - gel ちょっと漠然とした質問なんですが、PAGEで、かなり近くに存在する2つのバンドの距離をできるだけ離してあげてより見やすい形にしたい場合、一般論として、ゲル濃度って「上げよう」と思うのか「下げよう」と思うのか、どちらでしょうか？ 後輩の学生と議論という程でもないですがそんな話になって、「ゲル濃度を下げるべきでしょ。マーカーを見れば分かるじゃん、ゲル濃度を下げたら間隔が開くし、高濃度ゲルを使ったら上の方のバンドが詰まったパターンになるでしょ？」「ゲル濃度を上げるべきでしょ。泳動のフロントラインを見れば分かるじゃん、ゲル濃度が低いと、全てがフロントラインに集合しているけど、それらをしっかり分けて見たい場合、ゲル濃度を上げるでしょ？」という完全に真逆の2つの主張が出てきて、どっちもまぁ確かに、と思えて悩んでいる感じです。 そもそも書いてて思いましたが、多分これは一般論として語れる話ではなく、「見たいもののサイズによって話は異なる」が結論なのかなという気もしますが、原則的な一般論としては、「この2つのバンドのサイズが近すぎるな。次はもうちょっとしっかり離したfigが欲しい」と思う場合、皆さまなら第一手としてゲル濃度を上げるか下げるかどちらの手がぱっと浮かびますでしょうか…？ 何か漠然とした意図の質問で恐縮です。よろしくお願いします。

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