顕微鏡各社はそれぞれの対物レンズの倍率やN.A、デジタルズーム倍率や取得画素数などからスケールを計算しています。もちろん自前のソフトでスケールバーを表示する際にはこの値をもちいています。また、これらはメタデータとして独自フォーマットおよびtiffファイルなどに保存されます。
Fijiでcziファイルを読み込む場合、おそらくはbioformatsを使用していると思います。これはcziなどの各顕微鏡会社のファイルにあるメタデータを画像ファイルと同時に読み込んでImageJに格納します。このときbioformatsがうまく読み込めていなければ全く違う値になりますが、スケールに関しては気になったことはありません。ただし、ImageJは設計が古いので内部的にはdoubleよりもfloatで計算していることが多いです。このため、元のデータがdoubleであった場合にはもしかすると若干の誤差が出るかもしれません。(意味のある誤差とは思えないですが)。
この問題よりも、対物レンズを交換した際に顕微鏡のソフトでうまくそのレンズを自動認識していない場合や手動で変更する必要がある場合に情報が前のレンズのままであったために取得した画像のスケールがおかしくなることがありますので、レンズ交換の際はこの点もお気をつけください。 |
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