Bio Technical フォーラム

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No.8824-TOPIC - 2020/05/06 (水) 15:20:00 - EXON
次世代シークエンサーを用いて、Humanの腫瘍の遺伝子変異を同定しました。

レビューアーからTMBの表記を/MB表記に変換するように求められたのですが、Agilent sure select v5を用いた場合は、ヒトゲノムのEXOMEサイズはいくつになるのでしょうか？全体のキャプチャーのサイズの記載はあるのですが、CODINGの領域だけ解析しているため、UTR等を除いて解析する必要があると考えております。

文献を調べても分母に何を使っているのか記載されているものがなかなかない状態です。
　
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No.8824-3 - 2020/05/07 (木) 13:07:19 - ちき
理屈上はsureselect V5のbedファイルとhuman genomeのcoding sequenceのbedファイル(Table browser等から得られる)のintersectをとって、全長を計算すればいいと思います。ざっとやったところ、32Mbぐらいのようです(ご自分でご確認ください)。

(無題) 削除/引用
No.8824-2 - 2020/05/07 (木) 04:22:52 - おお
メーカーがプライマーをセットして読むところを決めてるだろうから、メーカーに問い合わせるのが筋ではないでしょうか？

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No.8824-1 - 2020/05/06 (水) 15:20:00 - EXON
次世代シークエンサーを用いて、Humanの腫瘍の遺伝子変異を同定しました。

レビューアーからTMBの表記を/MB表記に変換するように求められたのですが、Agilent sure select v5を用いた場合は、ヒトゲノムのEXOMEサイズはいくつになるのでしょうか？全体のキャプチャーのサイズの記載はあるのですが、CODINGの領域だけ解析しているため、UTR等を除いて解析する必要があると考えております。

文献を調べても分母に何を使っているのか記載されているものがなかなかない状態です。
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