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(無題) 削除/引用 No.8804-17 - 2020/05/08 (金) 19:51:18 - じょしゅ 申し訳有りません。 間違ったトピに投稿してしまいました

(無題) 削除/引用 No.8804-16 - 2020/05/08 (金) 19:49:47 - じょしゅ フローサイトメトリーのアイソタイプコントロールについて フローサイトメトリーで4色の染色を予定しています。 ある一つのアイソタイプコントロールを試験するときは、対応する標識抗体の 代わりにアイソタイプコントロールを添加するかと思いますが、それ以外の三色の抗体は通常サンプル通り、添加するという認識で良いのでしょうか？ 初歩的質問で申し訳ありませんがよろしくお願い申し上げます。

(無題) 削除/引用 No.8804-15 - 2020/05/03 (日) 11:38:32 - 微生物培養ビギナー 返事が遅くなってしまいました。 >[Re:13] おおさんは書きました : > 追加補足いたしますが、ODを測る目的はバイオ関連では大抵濃度を測るためで、１０ODぐらいあっても、希釈してODを測って、濃度計算をしてから、希釈倍率をかけて、原液濃度（ｍｇ/ｍｌとか）を計算するので１０ODという表記はまれなのだと思います。目的に合った表記をしているという事です。 まさしく原液濃度を計算する用途しかしたことがなかったので、１０ODが何か理解できなかったようです。目的に応じてということですね。とてもスッキリしました。 >[Re:14] ちきさんは書きました : > この表はoligoのyieldなので、ODとは書いてありますが実際にはOD unitのような気がします。 手元の微生物の教科書には「慣例としてODが1の培養液1mLに含まれる細胞量を1OD unitと表現します」とあり、また注釈に「広く一般に認められた単位ではないので、論文に書くときはその都度、定義、測定法…を明記する必要がある」とありました。 上記のoligoがODunitかどうかの記載はありませんが、そのような単位が用いられることもあるのですね。勉強になれいました。 疑問が解消されて腑に落ちました。皆さまありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8804-14 - 2020/05/01 (金) 15:24:57 - ちき >[Re:12] おおさんは書きました : > >実際、吸光度6や10という数値はあまり見かけたことはありませんが、理屈上そのように表現してはダメというわけではないですよね。 > > https://www.genscript.com/DNA_Oligo.html > > 一番下の表をみてください。 この表はoligoのyieldなので、ODとは書いてありますが実際にはOD unitのような気がします。

(無題) 削除/引用 No.8804-13 - 2020/05/01 (金) 15:16:57 - おお 追加補足いたしますが、ODを測る目的はバイオ関連では大抵濃度を測るためで、１０ODぐらいあっても、希釈してODを測って、濃度計算をしてから、希釈倍率をかけて、原液濃度（ｍｇ/ｍｌとか）を計算するので１０ODという表記はまれなのだと思います。目的に合った表記をしているという事です。

(無題) 削除/引用 No.8804-12 - 2020/05/01 (金) 13:55:07 - おお >実際、吸光度6や10という数値はあまり見かけたことはありませんが、理屈上そのように表現してはダメというわけではないですよね。 https://www.genscript.com/DNA_Oligo.html 一番下の表をみてください。

(無題) 削除/引用 No.8804-11 - 2020/05/01 (金) 13:29:56 - 微生物培養ビギナー AP様 回答ありがとうございました。 > 希釈したときの測定値に希釈倍率を乗じたものも濁度というのに違和感があり、、、っていうのは、全くもってあなたに特有の言語感覚であって、他の人には同感されないと思います。 > ひょっとすると「濁度」という字面の印象に引っ張られた違和感なのかもしれない。 原理は違えど、濁度は吸光度と同じ考え方で実務上支障ない、と認識したため、その延長での混乱した気がしてきました。 吸光度は基本的に1以下でしか取り扱ったことがなく、そのような数値も見たこともなかったので、「吸光度に希釈率を乗じて吸光度6とか10とかに還元してはいけない」という前提があると勝手に思い込んでおりました。 その上で、吸光度ではその前提なのに、なんでOD660なら希釈率を乗じて還元してもOKなの？同じ考え方なのに？と混乱したようです。 実際、吸光度6や10という数値はあまり見かけたことはありませんが、理屈上そのように表現してはダメというわけではないですよね。 > ちなみに、業界ではODのことを慣習的に「濁度」と言うことがありますが、optical densityは光学密度、濁度はTurbidityで別の尺度ですね。 そのようですね。濁度も様々な測定方法や定義があるようで勉強になりました。 ご回答頂き、ありがとうございまいた。

(無題) 削除/引用 No.8804-10 - 2020/04/30 (木) 13:17:40 - AP > ただ、その濁度10の部分だけがよく分かりませんでした。濁度＝660nmの吸光度の理解でしたので、吸光度に希釈率をかける数値も濁度と呼ぶことに違和感があり、 希釈したときの測定値に希釈倍率を乗じたものも濁度というのに違和感があり、、、っていうのは、全くもってあなたに特有の言語感覚であって、他の人には同感されないと思います。 ひょっとすると「濁度」という字面の印象に引っ張られた違和感なのかもしれない。 ちなみに、業界ではODのことを慣習的に「濁度」と言うことがありますが、optical densityは光学密度、濁度はTurbidityで別の尺度ですね。

(無題) 削除/引用 No.8804-9 - 2020/04/30 (木) 11:18:44 - 微生物培養ビギナー おお様 コメントありがとうございます。 >[Re:8] おおさんは書きました : >吸光度計のいろはについて書いてますか？ > > > ただ、その濁度10の部分だけがよく分かりませんでした。濁度＝660nmの吸光度の理解でしたので、吸光度に希釈率をかける数値も濁度と呼ぶことに違和感があり、自分が初学者ゆえに知らない測定ルールがあるのか、その専門領域の常識なのか、という点が分かりませんでした。 > > もう指摘があるのでご理解いただいているかと思いますが、吸光度計で測定していますが実際見ているのは光散乱による直進してくる光の減少を見ています。だから吸光度と言わず濁度という言葉を使っているのだと思います。そこの解説がないのはちょっと操作だけを書いているあまりいいものとは思えないです。確かに実験を手技をわかりやすく書いている書物は助かると思いますが、方法論の理解のための解説、その方法についての原理などの解説があるものも並行して読むべきかと思います。 吸光度についても記載もあります。図で吸光度と濁度の違いも明記されていました。最初のトピックから、吸光度を区別して記載していたつもりでしたが、「濁度＝660nmの吸光度の理解」は完全に誤りですね。失礼いたしました。 「660nmの波長で分光光度計で測定した値を濁度と認識しており、吸光度における考え方（ランベルト・ベールの法則等）も同じように取り扱える認識だった」ということを申し上げたかったです。ですので、「吸光度」に「希釈率」を乗じることはあまりないと思うので、なぜ「濁度」ではそれがあるのかが疑問だった、という主旨でした。 文章が長くなるばかりで正確に伝わっておらず、失礼致しました。コメントありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8804-8 - 2020/04/29 (水) 23:33:48 - おお >[Re:6] 微生物培養ビギナーさんは書きました : > >[Re:4] 本は持ってないけどさんは書きました : > > 「イロハ」の本にその暗黙の了解が書いてないってのが不親切に思いますね > > 書籍自体は本当にイロハから書いてあり、私のような大腸菌ちょっと増やしたことある程度の初学者には本当に良い本で、バイブルのように読んでいます。 吸光度計のいろはについて書いてますか？ > ただ、その濁度10の部分だけがよく分かりませんでした。濁度＝660nmの吸光度の理解でしたので、吸光度に希釈率をかける数値も濁度と呼ぶことに違和感があり、自分が初学者ゆえに知らない測定ルールがあるのか、その専門領域の常識なのか、という点が分かりませんでした。 もう指摘があるのでご理解いただいているかと思いますが、吸光度計で測定していますが実際見ているのは光散乱による直進してくる光の減少を見ています。だから吸光度と言わず濁度という言葉を使っているのだと思います。そこの解説がないのはちょっと操作だけを書いているあまりいいものとは思えないです。確かに実験を手技をわかりやすく書いている書物は助かると思いますが、方法論の理解のための解説、その方法についての原理などの解説があるものも並行して読むべきかと思います。 > > > ひとことに100倍希釈と言ったところで > > 900+100を2回　か　990+10か　でも > > 結果はほぼ変わらなくてもサンプル数やその人のやりやすさで変わりますし > > 希釈するための液を確保したり > > 仮にＯＤが10くらいのを希釈して1.0ちょい越えだと > > 希釈して0.1というのも怪しいので500+500で希釈し直したりと DNAなどでも濃いときは希釈しますよね。注意してやれば正確に測れるはずです。

(無題) 削除/引用 No.8804-7 - 2020/04/29 (水) 23:04:11 - 微生物培養ビギナー ２qぇs３dr４vghじ様 回答ありがとうございます。 >[Re:5] ２qぇs３dr４vghじさんは書きました : > 測定して1を測定値が越える時は希釈して1以内に収まるようにして計りなおしてます。で、再測定値に希釈率を掛けて、測定値としています。 ２qぇs３dr４vghじ様の書かれているような「測定値」のような表記、扱いであれば納得できます。同条件で培養した上で、さらに測定値をもって条件を揃える、培養が問題ないことを確認する、といったイメージですよね。 > 同じ検体でも濁度は使用する分光光度計の構造により異なる値がでます。濁りがあるので光がいろんな方向に散乱してキュベットを出た光がすべてまっすぐにそのまま検出器に入るわけではないからです。菌数数えて検量線書くというのも現実には難しいので、あくまでもその機器で測ったときの話ということになります。 分光光度計が違えば結果が異なる旨、アドバイスありがとうございます。 下記の「実践　有用微生物培養のイロハ」にもその旨は詳細に書かれておりました。そのあたりも気を付けて実験したいと思います。 回答ありがとうございました。 自分が実験する場合は、「○倍希釈の時に吸光度△（1以下）」と条件を揃えるつもりでした。それとやっていることは同じことですが、それを「吸光度△の○倍を測定値×」と表現するケースもあること、その「測定値×」を「濁度×」と表記する人もいるということですね。 とてもよく分かりました。安心しました。どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8804-6 - 2020/04/29 (水) 22:48:12 - 微生物培養ビギナー 本は持ってないけど様 回答ありがとうございます。 >[Re:4] 本は持ってないけどさんは書きました : > 論文なら生データでも計算後の値でグラフ化されることは珍しくないですけど > 「イロハ」の本にその暗黙の了解が書いてないってのが不親切に思いますね 書籍自体は本当にイロハから書いてあり、私のような大腸菌ちょっと増やしたことある程度の初学者には本当に良い本で、バイブルのように読んでいます。 ただ、その濁度10の部分だけがよく分かりませんでした。濁度＝660nmの吸光度の理解でしたので、吸光度に希釈率をかける数値も濁度と呼ぶことに違和感があり、自分が初学者ゆえに知らない測定ルールがあるのか、その専門領域の常識なのか、という点が分かりませんでした。 なお、その他の事項については、「筆者の研究者では…」とか「こうすることが多い」などの業界の常識も注釈で書かれており、とても良書だと思っています。 > ひとことに100倍希釈と言ったところで > 900+100を2回　か　990+10か　でも > 結果はほぼ変わらなくてもサンプル数やその人のやりやすさで変わりますし > 培地がチップ外に垂れるような粘度になっていれば > 10で取ればその分の誤差が出たり > フラスコがでかければピペットが入らなくて移さなければ取れなかったり > 2回で希釈するならそれを受ける為のエッペンを使い捨てたり廃液が増えたり > 希釈するための液を確保したり > 仮にＯＤが10くらいのを希釈して1.0ちょい越えだと > 希釈して0.1というのも怪しいので500+500で希釈し直したりと > 「実践」で考えれば色々でてくるので > その辺がきっちり定まるものでないからあえてあいまいにしているのかも このあたりの希釈の精度などは実践での工夫が必要な部分もありますね。このトピックも、濁度10にこだわらず自分の納得のいく方法で実験を進めれば、別に支障はないのですが、やはり腑に落ちないまま進めるのが嫌で質問しました。 回答ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8804-5 - 2020/04/29 (水) 22:30:10 - ２qぇs３dr４vghじ 測定して1を測定値が越える時は希釈して1以内に収まるようにして計りなおしてます。で、再測定値に希釈率を掛けて、測定値としています。 同じ検体でも濁度は使用する分光光度計の構造により異なる値がでます。濁りがあるので光がいろんな方向に散乱してキュベットを出た光がすべてまっすぐにそのまま検出器に入るわけではないからです。菌数数えて検量線書くというのも現実には難しいので、あくまでもその機器で測ったときの話ということになります。

(無題) 削除/引用 No.8804-4 - 2020/04/29 (水) 19:35:56 - 本は持ってないけど 論文なら生データでも計算後の値でグラフ化されることは珍しくないですけど 「イロハ」の本にその暗黙の了解が書いてないってのが不親切に思いますね ひょっとしたら演習で希釈する手順は書いてあっても 計算して原液の値とする手順が略されてるのかも ひとことに100倍希釈と言ったところで 900+100を2回　か　990+10か　でも 結果はほぼ変わらなくてもサンプル数やその人のやりやすさで変わりますし 培地がチップ外に垂れるような粘度になっていれば 10で取ればその分の誤差が出たり フラスコがでかければピペットが入らなくて移さなければ取れなかったり 2回で希釈するならそれを受ける為のエッペンを使い捨てたり廃液が増えたり 希釈するための液を確保したり 仮にＯＤが10くらいのを希釈して1.0ちょい越えだと 希釈して0.1というのも怪しいので500+500で希釈し直したりと 「実践」で考えれば色々でてくるので その辺がきっちり定まるものでないからあえてあいまいにしているのかも

(無題) 削除/引用 No.8804-3 - 2020/04/29 (水) 17:48:44 - 微生物培養ビギナー AP様 回答ありがとうございました。 すみません、質問がわかりにくくなってしまいました。 ＞濁度6とか10という値は希釈して測定したものに希釈倍率をかけて原液の濁度に還元しているものだとのは、暗黙の了解じゃないかと。 この「暗黙の了解」の部分が知りたかった点かもしれません。 微生物培養における濁度は、600nmまたは660nmの波長の吸光度と同義と認識しているのですが、AP様の仰るように常法の通り希釈して測定するとして、例えば、10倍希釈液で吸光度が0.6だったら、10倍に戻して6.0だよね、という感覚がよく分からなかった次第です。 吸光度に希釈率を乗じるってどういうこと？と思っていたので、勝手に微生物培養の世界では原液で測定するものなのか、と思っていました。 原液の濁度に戻して表現するものだと言われれば納得します。何分、勉強中で、専門家が近くにいるわけでもないので、その専門領域では普通そう表現する、というのが分からなくて質問致しました。 回答ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8804-2 - 2020/04/29 (水) 15:13:09 - AP 質問の意図がよくわからないのだけれど。 濁度1以上を扱うこと？、原液での測定する場面？、が疑問だと読めるけれど、それがどうかしまして？ 培養液に限らず、吸光度を測る時に原液をそのままキュベットに入れることがないでもありませんが、いろいろな理由で(サンプル量の節約、測定レンジの調整、ブランクを取るのに便利などで)、同じ培地、溶媒で1/10とか1/100とかに希釈してやるのは常法じゃないかと思うんですけれど。培地、溶媒900 uLとか990 uLをキュベットに入れてまずブランクを取り、そこにサンプルを100 uLなり10 uLなりのサンプルを加えて全量を1 mLにして測定する、それを10倍なり100倍なりしたものが原液の吸光度、濁度、みたいに。 濁度6とか10という値は希釈して測定したものに希釈倍率をかけて原液の濁度に還元しているものだとのは、暗黙の了解じゃないかと。 質問の答えになってるでしょうか？

微生物培養での濁度１以上の意味 削除/引用 No.8804-1 - 2020/04/29 (水) 14:20:58 - 微生物培養ビギナー 最近微生物培養を始めました。勉強する中で、濁度OD660の値が1以上での説明を見かけることがあります。その意味がよく分かりません。 （例） 『濁度が10程度の培養液でも、0.1 L程度の…』 「生物工学」93(3)2015年P.149-150 『例えばOD600＝6の培養液を50 mL遠心分離…』 「実践有用微生物培養のイロハ」2018年P.93 吸光度は濃度測定でしか使用したことがなかったので、1以上の数値を扱うのに違和感があります。 一方で、濁度と乾燥重量の説明では、1以下で説明されているので、定量時は1以下が妥当という認識なのだとは思います。 そうすると、一体どういう場面で培養液を原液で測定するのか、よく分かりません。ざっくりとどの程度の増殖かを見る場面では、原液で測定するのが微生物培養業界では一般的なのでしょうか？ 濁度6とか濁度10と言われたときに、その信頼性に疑いを持ってしまうので、あまりにざっくり過ぎやしないか・・・と思ってしまします。 どうも腑に落ちないので、ご教示頂けますでしょうか。

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