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(無題) 削除/引用 No.8761-5 - 2020/04/10 (金) 15:19:46 - kobayashi 回答ありがとうございます。 RNAをNGSで扱うのが初めてなので分からないことだらけで、、 RNAを扱うのもほぼ初めてなので必要コピー数などがよくわかりませんでした。 対象のウイルスを100万コピー用意するのは難しいことですか？

(無題) 削除/引用 No.8761-4 - 2020/04/10 (金) 14:01:05 - カートン箱 最近NGS解析を始めた初心者ですが、Short-readの利点は、Long-readよりもリード数が多いので、配列当たりの重ね合わせ深度が深い≒アセンブルできた部分については正確性が高い・・・とかですかね。 Short-readは高度に繰り返された配列や局部的にGCリッチな配列が原理的に苦手なので、Long-readで足りない深度をShort-readで補う、という使い方はありかもしれません。特にLong-read側がナノポアみたいな正確性が一段劣るものであれば効果は大きいのではないかと思います。

(無題) 削除/引用 No.8761-3 - 2020/04/10 (金) 12:35:29 - kobayashi 回答ありがとうございます。 全長解析を粉う場合はやはりlongリードのシーケンサーが良いですよね。 IlluminaのようなShortリードのシーケンサーは発現量の解析や部分的な配列を解析することに多く用いられているイメージなのですが、実際はどうなんでしょうか？ 全長解析をilluminaのシーケンサーで行うことのメリットがあれば合わせてお聞かせ願いたいです。

(無題) 削除/引用 No.8761-2 - 2020/04/10 (金) 11:34:28 - seventh ゲノムRNAのアセンブルなら長鎖シーケンサーの方が良いのでは。アセンブルならゲノムのx50-100のリードがあれば十分にできると思いますが、構造によってはイルミナのシーケンサーでは完全に決まらない場合があります。

NGSを用いたウイルスゲノムの全長解析の必要なコピー数 削除/引用 No.8761-1 - 2020/04/10 (金) 11:00:47 - kobayashi Illumina社のNGSを使用して全長30Kbのウイルスの全長解析を行う場合用いるRNAのコピー数は大体どの程度必要になってくるでしょうか？ 100万コピーを要求されることは不自然なことですか？ ご意見お聞かせ願います。

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