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(無題) 削除/引用 No.8728-6 - 2020/03/25 (水) 12:33:46 - passerby 以前似たような経験をしました。 gtfからgff3に変えたりしてもだめだったことがあり、hisat2のインデックスファイルを作り直してマッピングし直したところうまく行ったことがありました。また、hisat2に使用したリファレンスゲノムとgtfの出どころが一緒でないとうまく行かないと思います。

(無題) 削除/引用 No.8728-5 - 2020/03/24 (火) 22:12:51 - BlueComma usagiさん お力になれず残念です・・・ ところで、エラーは出ていませんでしたか？何かしらの異常があればエラーが表示されると思うのですが。。。

(無題) 削除/引用 No.8728-4 - 2020/03/23 (月) 21:59:17 - usagi BlueCommaさん 丁寧にご回答頂きありがとうございます。 これまでの解析に関する問題ではなく、参照ファイルの問題の可能性が高いとのことで安心しました。 参照ファイルをgff3に変えてみましたが遺伝子名が付加されませんでした。 参照ファイルをいろいろ変換して試してみようと思います。 取り急ぎお礼を申し上げたく書き込みを致しました。 丁寧にアドバイスをいただきまして誠にありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.8728-2 - 2020/03/22 (日) 22:19:28 - BlueComma 当方RNA-seqの専門ではありませんが、同じようなことで奮闘した経験がありましたのでコメントさせて頂きます。 GTFファイルの問題かと思います。GTFファイルの最後の列はアノテーションが記載されているのですが、ここの表記、「gene_id "遺伝子名"」と「ID=遺伝子名」の二通りあるようです（厳密には後者はGFF3形式？）。どうやらstringtieでは前者の表記では遺伝子名を取得してくれないようです。GTFではなく、GFF3形式のファイルを用いると解決するかもしれません。 お役に立てれば幸いです。 参考：GTF・GFF形式について（Ensemble） https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html

stringtieの出力ファイル（gene nameが付加されない） 削除/引用 No.8728-1 - 2020/03/21 (土) 01:13:14 - usagi いつも質問させていただいております。 RNA-Seqの解析についてですが Hisat2でマッピングしたsamファイルをsamtoolsでbamにした後、stringtieで発現量を計算しております。 現在、stringtieの出力したファイルにgene nameが付かずに困っております。 コマンドは stringtie サンプル名.sort.bam -o 出力ファイル名.gtf -G 参照するgtfファイル.gtf -A 出力ファイル名.tab gene nameが付加されないのは参照するgtfファイルのせいでしょうか。 （参照するgtfファイルを変えれば解決するのでしょうか。） gtfファイルはUCSCからダウンロードしたもの、GENECODEからダウンロードしたもの両方試してみましたがどちらともgene nameが付加されませんでした。 使用しているサンプルはヒトです。 ご存知の方がいらっしゃいましたら知恵をお貸しいただけますと幸いです。 よろしくお願い致します。

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