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Reverse crosslinkingの原理
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No.8718-TOPIC - 2020/03/13 (金) 11:55:24 - 春田創一
PFAで固定したサンプルをReverse crosslinkingしたいと考えています。
NaClを最終濃度0.2Mまで加え65度でインキュベートしPFAによる架橋を外すプロトコルがよく見られますが、どのような原理で架橋が外れているかご存知の方はいらっしゃいますか。例えばNaClではなく、KClでも外れるのでしょうか。
化学的にかなり初歩的な質問であり申し訳ありませんが、
どうぞ宜しくお願い致します。
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No.8718-5 - 2020/03/17 (火) 02:39:44 - 春田創一
おおさん
ご回答有難うございます。
仰るとおり自身で外れているか確認することが重要ですね。
試してみます。
(無題)
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No.8718-4 - 2020/03/14 (土) 14:29:33 - おお
NaClは直接反応には関係ないです。
強いて言うなら環境を整えるとか、あぐったりというのを極力避けるとかそんなことだと思います。無責任に言うなら、KClでもいいと思います。また架橋がちゃんと外れるのかという点で懐疑的な人もいるし実際にあなたの系で外れているかを確認しないかぎりはっきりしないんじゃないかと。
RNAの結合でUVで蛋白と架橋して結合しているRNAの配列を決める方法があるけど、そういう場合も架橋が外れてないと思う。
(無題)
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No.8718-3 - 2020/03/14 (土) 11:13:47 - 春田創一
おおさん有難うございます。
Fig.1を見てなぜNaClを加えると架橋が外れるのか分かりますか。
またKClでも外れるのでしょうか。
と言いますのも実験の都合上NaClではなくKClで架橋を外したいと思っております。
どなたか教えてくださると大変有難いです。
(無題)
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No.8718-2 - 2020/03/14 (土) 02:15:31 - おお
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4063333/
こんなんありました。
Reverse crosslinkingの原理
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No.8718-1 - 2020/03/13 (金) 11:55:24 - 春田創一
PFAで固定したサンプルをReverse crosslinkingしたいと考えています。
NaClを最終濃度0.2Mまで加え65度でインキュベートしPFAによる架橋を外すプロトコルがよく見られますが、どのような原理で架橋が外れているかご存知の方はいらっしゃいますか。例えばNaClではなく、KClでも外れるのでしょうか。
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