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COVID-19 RT-PCR 偽陽性率 トピック削除
No.8712-TOPIC - 2020/03/09 (月) 02:50:29 - JAMA
これが分からないと、検査対象をどこまで拡大できるか判断不能かと。感度が低いので、繰り返し検査で偽陽性を除外する事もできない(相反する結果が得られた場合、一方の偽陽性によるのか、他方の偽陰性によるのか分からない)。検査キット毎の偽陽性率を知った上で、そして偽陽性により隔離を強いられる事になる方々への影響を熟慮した上で、方針が決まっているのか?? あるいは、これが分からないから、肺炎症状のある患者さんに限定した検査になるのか?

下記を見ると、例えば一番最初に出たnon-comercialのものでは、特異性のチェックとして正常75サンプルしか見てないので、これを例えば10万サンプルまで増やすとどうなるか、分からない。Comercialのキットでは、特異性を数字で示したものが一つもない。少なくとも、巷の試算で言われているような「特異性90%」などという恐ろしい状態ではないと思うが、検査拡大した場合は、特異性99.9%と99.9999%では大きな差になる。

ttps://sph.nus.edu.sg/wp-content/uploads/2020/03/COVID19-Science-Report-Diagnostics-06-Mar.pdf

偽陽性率、特異性についての情報をお持ちの方がいたら、シェアしてほしい。 
 
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8件 ( 1 〜 8 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.8712-8 - 2020/03/16 (月) 13:57:58 - おお
まず感度など弱いとする話はスクリーニングをするときの数字ではないかと。
無症状キャリアなど症状が出てないとか軽症の人はウイルスが補足できずPCRのテンプレートすらない状態でPCRする羽目になる。

ウイルスが確実に検出されるのは症状が出ているときの肺で気管支の下のほうとかからサンプリングした場合です。そういう場合は感度的には使用に耐えうるという話を聞いています。無症状の人に気管支の奥の肺からサンプルを取り出すだろうかと個人的には思います。

無症状キャリアについては初期で疑われた人はじつは腰痛を発症していて鎮痛剤を飲んでいたという話もあり慎重なたいどをCDCはとっていました。その後の話を聞いてませんがもしあればリファレンスなどあればうれしいです。

>国際的に「ケース」として報告されている数からは、無症状キャリアは除外されているのだろうか?

USのばあいはそうです。一定基準の症状がある場合医者(USは保険関係の人もからんでくる)に相談し、必要と考えられる場合検査をするという事になっています。例外的に感染者と濃厚接触している事が分かっている場合は検査しているかもしれません。

加えて現状検査の再には防護服をして、次に診察する人に感染を防ぐために防護用アイテムは新しいものにすると聞いています。

(無題) 削除/引用
No.8712-7 - 2020/03/16 (月) 11:08:49 - AA
>>世界中でこの検査をやっている事の意味
ウィルスの存在確認を診断する方法として、承認を受けている方法が他にないからではないでしょうか。

今後症例の検討が進み、臨床像から精度よく診断できるようになれば、PCRに頼る必要はなくなりますがそれまではPCRに頼らざるを得ないのだと思います。

インフルエンザのようにイムノクロマトなどで判定出来るようになればスクリーニングとしてはだいぶ楽になると思いますが。

(無題) 削除/引用
No.8712-6 - 2020/03/16 (月) 10:16:38 - JAMA
> 逆に言えばスクリーニング検査として確実に逃したくないものは偽陽性の範囲をゆるくして取りこぼしがないようなものを前提に行う。

という事は、感度が悪すぎるPCRでは、偽陽性をどんなに緩くしても取りこぼすので、スクリーニング検査としてはほぼ無意味(というか害が出る)という理解で良い?

だとすると、世界中でこの検査をやっている事の意味はなんでしょう? PCRではなく、CT所見と臨床像で診断するという、中国で一時取られていたストラテジーの方が、理にかなう気がしますが。

あと、特異度90%が現実なら、PCR-basedの診断統計は偽陽性ばかりになりそう。日本の場合、無症状キャリア(ここには偽陽性が入っている可能性が高い)を除いた、有症状患者数の統計が出ているが、国際的に「ケース」として報告されている数からは、無症状キャリアは除外されているのだろうか?

(無題) 削除/引用
No.8712-5 - 2020/03/14 (土) 10:03:28 - おお
ん、まずい熱出てきた。。。

(無題) 削除/引用
No.8712-4 - 2020/03/09 (月) 20:51:06 - asan
>陰性なのに陽性と出る
 ・似た配列をキットのプライマーが読む?
 ・個人個人で異なるDNAにプライマーが反応する
ってことなんですかね?


PCRはきちんとした手順できちんとしたサンプル処理をして、きちんとした増幅ピークとその増幅されてたものの真偽を検証まですれば偽陽性をほぼ0にすることは原理上可能だと思いますよ。ただ、ここで議論になってるのはあくまで”キット”ですから、いちいち増幅ピークが真のものをふやしてるかどうかとか、電気泳動で処理したり、シーケンスを行ったりなんて事まですることを想定してないからやり方によってはエラーが出るのでしょう。というか、臨床現場での簡易キットとはそういうものだと思います。

スループットや検査する人のハンドリング差などを除いても問題にならない(程度まで)抑えられるのは、あくまで一時スクリーニングで可能性が疑われる人を検査するから、あるいは複数の指標によってリスク集団を想定して検査するからであって、そのキットで100%の真偽を問うことには実用的には意味がない。

ABCの基準があってABが陽性で最終判断としてCでも陽性がでたが、たまたまそれが偽陽性である可能性が0.1%残っているであろうことは当然想定しているが、ABまででてるのだからCまででたら陽性とみなして処置することになんら問題はない。

ただし、これを全体で1/1000の割合でしか感染者が存在しない集団に使うと問題になる。なぜなら、もともと0.1%しか感染者が存在しないのに、感染してない正常な人が圧倒的に多いため偽陽性の割合が真の感染者をマスクすることになるから。

故に、どんなスクリーニングであっても、目的を持って利用するのであって、闇雲に検査すればいいわけでも、時間がかかるけど完璧な検査をすれば(何を持って完璧か判断するのか不明だが)、言い訳でもない。あくまで自分自身が真に感染してるか否かという命題に答える場合に限って、偽陽性も偽陰性も基準が極端に厳しくなるだけのこと。

逆に言えばスクリーニング検査として確実に逃したくないものは偽陽性の範囲をゆるくして取りこぼしがないようなものを前提に行う。

(無題) 削除/引用
No.8712-3 - 2020/03/09 (月) 19:27:35 - 疑問
陽性なのに陰性と出る
 ・採取したサンプルにウイルスがないor必要量がまだない
 ・コロナが変異してるから見たい箇所が増幅されない
のはまぁわかるんですけど

陰性なのに陽性と出る
 ・似た配列をキットのプライマーが読む?
 ・個人個人で異なるDNAにプライマーが反応する
ってことなんですかね?

前者だけでも
採取した時には陰性だが直後〜その後で感染・発症の可能性があるから
念のためレベルの検査では意味をなさない
だから検査しない
というのもわからなくはないですけど

(無題) 削除/引用
No.8712-2 - 2020/03/09 (月) 04:23:53 - おお
>偽陽性により隔離を強いられる事になる方々への影響を熟慮した上で、方針が決まっているのか?? 

そういうことです。だから検査対象を疑われる症状を持つ人に限っています。テレビなどで誰でも検査できるようにしろと言っていることがよくあるようですが、それは無謀です。

>巷の試算で言われているような「特異性90%」

まあそんなところだわたしも聞いています。東京でできる限りの人に検査すると感染してないのに陽性の人が万単位ででる(感染していて陽性と出る人はその1%も満たないかもしれないのに)。健常者を隔離することになるのは人権意味なく制限することになるので誰でも検査すればいいような検査方法ではないです。

ようするにスクリーニング用検査薬ではなく、治療などのための診断用と見るべきです。もっと精度がないとだめだと言う声はわかりますし、おそらくそういう視点での開発などはしていると思いますが、現状ないのでそれでやりくりできることをやっているていうところだと思います。

COVID-19 RT-PCR 偽陽性率 削除/引用
No.8712-1 - 2020/03/09 (月) 02:50:29 - JAMA
これが分からないと、検査対象をどこまで拡大できるか判断不能かと。感度が低いので、繰り返し検査で偽陽性を除外する事もできない(相反する結果が得られた場合、一方の偽陽性によるのか、他方の偽陰性によるのか分からない)。検査キット毎の偽陽性率を知った上で、そして偽陽性により隔離を強いられる事になる方々への影響を熟慮した上で、方針が決まっているのか?? あるいは、これが分からないから、肺炎症状のある患者さんに限定した検査になるのか?

下記を見ると、例えば一番最初に出たnon-comercialのものでは、特異性のチェックとして正常75サンプルしか見てないので、これを例えば10万サンプルまで増やすとどうなるか、分からない。Comercialのキットでは、特異性を数字で示したものが一つもない。少なくとも、巷の試算で言われているような「特異性90%」などという恐ろしい状態ではないと思うが、検査拡大した場合は、特異性99.9%と99.9999%では大きな差になる。

ttps://sph.nus.edu.sg/wp-content/uploads/2020/03/COVID19-Science-Report-Diagnostics-06-Mar.pdf

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