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サイクリングプローブ法とTaqmanプローブ法について トピック削除
No.8703-TOPIC - 2020/03/05 (木) 15:50:36 - ぬんた
現在バクテリアのSNPを検出して遺伝子型@、Aを判別する方法を模索しており、ひとまず分離菌を用いた場合には、Taqmanプローブでうまくいっています。
しかし、現在行っているTaqmanプローブ法では@とAが混ざっているような場合には判別ができません。

サイクリングプローブ法では、↑のように複数のSNPが混合している場合でも上手い具合に検出できるのでしょうか。(それぞれの定量も可能?)
ほかにも遺伝子型@とAが混ざっている状態で、それぞれを検出するいい方法があればご教授いただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。
 
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No.8703-4 - 2020/03/16 (月) 18:18:01 - noname
ぬんた様

マルチチャンネルの認識はそれで合っています。
下記のホームページを参照いただければと思います。
ttp://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100004312

Taqman probe法でもマルチチャンネルでの検出でそれぞれ定量できそうでした。
ttps://filgen.jp/Product/Bioscience3/indexsnp13.htm
アニーリングしても、プローブの長さ程度でしたらちゃんとクエンチングしてくれます。

後はどちらの方法もプローブの設計次第でしょうか。

(無題) 削除/引用
No.8703-3 - 2020/03/10 (火) 16:02:26 - ぬんた
noname様

ご回答ありがとうございます。
マルチチャンネルというのは2種類の標識プローブを2種類のフィルターで検出するという認識であっていますか?

サイクリングプローブ法ではミスマッチのあるプローブ側の蛍光は全く増幅しないのでしょうか。Taqmanプローブでは、原理的にミスマッチ側のプローブでも多少アニーリングして蛍光を発するような気がしますが。

(無題) 削除/引用
No.8703-2 - 2020/03/06 (金) 17:20:23 - noname
サイクリングプローブでマルチチャンネルで検出すれば
いけそうな気がします。

サイクリングプローブ法とTaqmanプローブ法について 削除/引用
No.8703-1 - 2020/03/05 (木) 15:50:36 - ぬんた
現在バクテリアのSNPを検出して遺伝子型@、Aを判別する方法を模索しており、ひとまず分離菌を用いた場合には、Taqmanプローブでうまくいっています。
しかし、現在行っているTaqmanプローブ法では@とAが混ざっているような場合には判別ができません。

サイクリングプローブ法では、↑のように複数のSNPが混合している場合でも上手い具合に検出できるのでしょうか。(それぞれの定量も可能?)
ほかにも遺伝子型@とAが混ざっている状態で、それぞれを検出するいい方法があればご教授いただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。

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