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(無題) 削除/引用 No.8684-9 - 2020/10/13 (火) 05:46:22 - M 便乗で申し訳ありません。最近、似た解析を始めました。ある程度自動化されたソフトウェアでアウトプットして、Rで解析する形なので、無償ソフトを必要としているわけではないのですが、習い始めの初心者としては一点引っかかる事があります。 システムとしては、２種類の細胞をマーカーで染色（仮にA細胞とB細胞とします）し、最も近接するAB細胞間の距離を測定する建て付けになっています（総当たりにはなっていません）。解析上は、A細胞から最も近接するB細胞までの距離と、逆にB細胞から最も近接するA細胞までの距離を、それぞれ測定できます。結果として、特にA細胞とB細胞の細胞密度が大きく異なる場合、AからBの距離と、BからAの距離で数字が大きく変わってしまいます（場合によっては５倍以上違います）。理論的には十分ありうる事なのですが、A及びBの細胞密度を加味することにより、これを補正する事ができないか、思案しております。もしご存知の方がいらしたら、お知恵を貸していただけませんでしょうか？　よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.8684-8 - 2020/03/08 (日) 12:54:48 - サンショウウオ opencv.zip,　https://www.axfc.net/u/4021194 色ベースの細胞核ピーク検出と最近傍細胞座標・細胞座標。 ピークの座標に丸を描画、元画像にマージして保存する例を掘り起こしたらありましたので。 ご参考までに。 Python,OpenCV

(無題) 削除/引用 No.8684-7 - 2020/03/07 (土) 22:19:20 - PAT ありがとうございます。 いろいろと試行錯誤をしてみたのですが、ある程度限界はありそうですね。 PDF化等して、線を点線に変えたり、線の両端にdotを追加したいと思っていたのですが、なかなか難しそうです。色を変えたり線の太さを変えることは簡単ですが。

(無題) 削除/引用 No.8684-6 - 2020/03/03 (火) 17:21:50 - ちき roiとして保存するか、flattenして別画像で保存するのではだめですか。

(無題) 削除/引用 No.8684-5 - 2020/03/03 (火) 08:41:23 - PAT これは素晴らしい方法ですね。 勉強させていただきましたが、かなり精度が高くなりそうですね。 参考になります。 追加で質問ですが、アノテーションで追加した線を保存しようと思うと消えてしまうのですが、何かいい方法を御存じでしょうか？ 英語のサイトで検索をかける限りではレイヤーのような概念はImageJにはないため、保存は不可能と複数のサイトで記載があったのですが、やはり難しいのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.8684-4 - 2020/03/02 (月) 13:24:22 - ちき 隣接をどう定義するかに依ると思いますが、Voronoi分割における隣接でいいのなら、Delaunay三角化して辺の長さを測ればいいみたいです。興味があれば、Plugins>Analyze>Delaunay Voronoiというコマンドの使い方を調べてみてください。自動化するには以下も参考になりそうです。 https://forum.image.sc/t/measuring-distance-to-neigbours/10712 https://gist.github.com/lacan/db13fb4c669c681a75e086ab46a0d9a9

(無題) 削除/引用 No.8684-3 - 2020/03/01 (日) 21:00:45 - PAT HALO systemというものを見つけました。 ImageJで、総当たりで計算とのことですが、cell-dell distanceとなると、隣の細胞との距離に限定して計算する必要があると思います。 これも区別することは可能でしょうか？

(無題) 削除/引用 No.8684-2 - 2020/02/29 (土) 09:09:04 - さんしょううお 有償のソフトの名前を教えていただければ、より適切なソフトを提案できますが。 大雑把には、ImageJとExcelなどを併用するなら 細胞認識 各座標取得 総当たりで距離計算 のような流れでしょうか。

細胞間の距離を計測するソフト 削除/引用 No.8684-1 - 2020/02/27 (木) 05:45:07 - PAT パラフィン切片上で細胞間距離を網羅的に計測したいと考えております。 有用なソフトをご存じの方いらっしゃいますか？ 有償のものは見つけたのですが、無償のものが探せていません。

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