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HAを使った競合溶出の可否について。 トピック削除
No.8682-TOPIC - 2020/02/26 (水) 07:27:33 - pp
いつも楽しく拝見させてもらっています。
私はこれまで293T細胞にFlag融合タンパク質を強制発現、分泌させ、培養上清から抗Flag抗体でプルダウンし、3xFlagペプチドにて競合溶出し、Flag融合タンパク質のリン酸化解析をした経験があります。

このような実験は論文でも多くされており、不安はありませんでしたが、この度、3xHA融合タンパク質にて同様の実験ができないか考えることになりました。

論文で調べた限りでは、Flagに比べ、HAでの競合溶出を行なった論文があまりありませんでした。
企業を隈無く調べると数社で3xHAペプチドが売られていましたが、3xFlagペプチドほどではありませんでした。

これはやはりHAタグはいいプルダウン抗体がないか(いや、勿論そんなことはないですが)、3xHAペプチドでの競合溶出が出来ないかということでしょうか?もちろん抗原抗体反応なのでついたり離れたりしていますから、大過剰量のペプチドでの競合溶出は理論上は可能だとは思うのですが....

ご教示いただけますと嬉しいです。
 
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No.8682-7 - 2020/02/28 (金) 18:30:46 - asan
3xpeptidesは長いので、sds pageをした場合にゲルで流れきらずにバンドに干渉する可能性はあります。

リン酸の場合はその分子量の場所が離れてればいいですが、下の方にかぶる場合は、3xでipしても、全部溶出できない可能性を含めて1xpeptideで溶出する場合もあります。

一般的にはFLAGの方がip効率が高いですが、出来なくはないと思います。

(無題) 削除/引用
No.8682-6 - 2020/02/27 (木) 02:52:14 - pp
1先生、ありがとうございます。

ただ、ビーズ自身への非特異的な結合物を排除したいために、このようなやり方を考えています。

(無題) 削除/引用
No.8682-5 - 2020/02/26 (水) 23:50:56 - 1
Pul-downが目的ならば直接少量のレムリーbufferに懸濁して溶出すればいいのでは、などと思いました。

(無題) 削除/引用
No.8682-4 - 2020/02/26 (水) 08:59:23 - pp
おお先生ありがとうございます!
こんなチャートがあるとは知りませんでした!

おお先生からのコメントをいただいて、融合タンパク質はHAで、競合溶出は3xHAでやるなら理にかなっていそうですね。

(無題) 削除/引用
No.8682-3 - 2020/02/26 (水) 07:55:36 - おお
https://www.labome.com/method/Protein-Peptide-Tags.html
こちらに抗体のクローンとか多少の情報があるけど。

(無題) 削除/引用
No.8682-2 - 2020/02/26 (水) 07:53:28 - おお
cshprotocols.cshlp.org/content/2010/7/pdb.prot5450.long
www.jbc.org/content/278/43/42692.full

成功例はありますけど、3xHAではないかもしれない。Tag側も3xHAかどうか確認してないけど、3xでないほうがアフィニティーは落ちるけど溶出はしやすいだろう。

HAを使った競合溶出の可否について。 削除/引用
No.8682-1 - 2020/02/26 (水) 07:27:33 - pp
いつも楽しく拝見させてもらっています。
私はこれまで293T細胞にFlag融合タンパク質を強制発現、分泌させ、培養上清から抗Flag抗体でプルダウンし、3xFlagペプチドにて競合溶出し、Flag融合タンパク質のリン酸化解析をした経験があります。

このような実験は論文でも多くされており、不安はありませんでしたが、この度、3xHA融合タンパク質にて同様の実験ができないか考えることになりました。

論文で調べた限りでは、Flagに比べ、HAでの競合溶出を行なった論文があまりありませんでした。
企業を隈無く調べると数社で3xHAペプチドが売られていましたが、3xFlagペプチドほどではありませんでした。

これはやはりHAタグはいいプルダウン抗体がないか(いや、勿論そんなことはないですが)、3xHAペプチドでの競合溶出が出来ないかということでしょうか?もちろん抗原抗体反応なのでついたり離れたりしていますから、大過剰量のペプチドでの競合溶出は理論上は可能だとは思うのですが....

ご教示いただけますと嬉しいです。

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