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細胞株に発現するDNAのデータベース トピック削除
No.8667-TOPIC - 2020/02/19 (水) 01:18:16 - kon
悪性腫瘍のヒト細胞株に発現する細胞株の探し方はGEOなどのデータベースから検索するのでしょうか?細胞株にsiRNA
初心者ですいませんがよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.8667-5 - 2020/02/19 (水) 10:21:23 - ちき
CCLEを見るのが定法だと思っています。

https://portals.broadinstitute.org/ccle

(無題) 削除/引用
No.8667-4 - 2020/02/19 (水) 03:07:58 - おお
>細胞株にsiRNAを試したいのですが、どの細胞株で行うべきかわかりません。

この発言からは特定の蛋白が想定されていて細胞株を探しているように聞こえる、

>ウエスタンブロッティングでやみくもに抗体を購入し使用しても細胞株に存在しないDNAであったら意味ない

使える細胞株から高発現していると思われる蛋白を検索するという印象をもつ。



あなたの目的に応じて使いにくい、使いやすいなどあると思いますがどのようなアプローチをするかという点で決まりがあるわけではないし、どうするかは研究者の個性でもありますから答えるというのはちょっとどうかなとも思います。

Cell lineのチョイスがある程度決まっているならその名前とRNseqやマイクロアレー、プロテオミクスなどで文献検索してもいいくらいだと思います。癌関連であれば初期の段階から色々やられているだろうと思いますので。

(無題) 削除/引用
No.8667-3 - 2020/02/19 (水) 01:23:57 - あの
悪性腫瘍にて高発現する遺伝子を発現するヒト細胞株の探し方はGEOなどのデータベースから検索するのでしょうか?細胞株にsiRNAを試したいのですが、どの細胞株で行うべきかわかりません。
初心者ですみませんが、よろしくお願い致します。

言葉足らずなので補足しました。

(無題) 削除/引用
No.8667-2 - 2020/02/19 (水) 01:21:54 - kon
すいません、なぜか途中で投稿されました。
悪性腫瘍のヒト細胞株に発現する細胞株の探し方はGEOなどのデータベースから検索するのでしょうか?細胞株にsiRNAを導入しDNAをノックアウトする実験を計画してるのですが、ウエスタンブロッティングでやみくもに抗体を購入し使用しても細胞株に存在しないDNAであったら意味ないと思い、そのような場合はどのように予測を立てるのでしょうか?
初心者ですいませんがよろしくお願いします。

細胞株に発現するDNAのデータベース 削除/引用
No.8667-1 - 2020/02/19 (水) 01:18:16 - kon
悪性腫瘍のヒト細胞株に発現する細胞株の探し方はGEOなどのデータベースから検索するのでしょうか?細胞株にsiRNA
初心者ですいませんがよろしくお願いします。

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