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ノックアウトする場所の決め方 トピック削除
No.8631-TOPIC - 2020/02/06 (木) 23:11:43 - ねちこ
遺伝子の機能をノックアウトして解析しようと思ったら失敗したかもです。
上流にある遺伝子のプロモーター含んでいるかもしれないのですがそれが原因でしょうか?
また、転写開始する位置等詳しくわかっていない遺伝子の上流の配列含むときって大体どれくらいノックアウトするときに残しますか?

どうか教えてくださいな
 
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No.8631-7 - 2020/02/07 (金) 10:07:57 - ねちこ
打ち間違えました。バキュロウイルスです。
あまりウイルスの増殖に関係ない遺伝子のはずが、ノックアウトして転写産物等調べようと思ったらウイルスが増えませんでした。
ノックアウトした近くに重要そうな遺伝子があったので、それが原因なのかな、と。

他の生物でこういったノックアウトで他の遺伝子な発言が直接変わることありますか?
またこういった現象に名前はありますか?

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No.8631-6 - 2020/02/07 (金) 09:53:18 - ちき
ウイルスを直接研究対象にしたことはないので想像ですが、大きな欠失を入れてしまうとゲノムサイズが変化することによる形態の異常とかいろいろな影響が出てきそう。ヌル変異を入れたいとしても、なるべく小さい変異にするほうがよいのでは。

昔、堀越先生が、酵母でも「欠失変異のデータは信用できない」と宣言していたことがありました。

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No.8631-5 - 2020/02/07 (金) 08:48:57 - おお
そうでしたか、残念でしたね。
としか言いようがありません。それだけの情報ではその可能性はあるかもねと慰め程度のコメントしかできません。
意外な表現型ができたのならそれはそれで研究の対象になりうるのでそう悲観的にならなくてもいいかも。

ウイルスは一つのプロモーターからAlternative Splicingで複数の蛋白が作られたりもしますし、そういうところも注意だと思いますが。

でも、ウイルスと言われると原核生物にたいするものもあるよね。。。

まあ今までの論文をよんでどんな可能性があるか整理してみてください。

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No.8631-4 - 2020/02/07 (金) 07:24:18 - ねちこ
ウイルスです。
ノックアウトしたら今までの報告から予想できない表現型になってしまいました。
もしかしたら上流や下流にある遺伝子のプロモーターとか潰してしまったのかな、と

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No.8631-3 - 2020/02/07 (金) 04:20:00 - おお
すいません。生物はなんですか?
失敗したって実際どういう結果になったってことですか?
質問は遺伝子の下流にその遺伝子の転写を活性化するエンハンサー領域があるかということですか?それなら大雑把に言うとYesです。
マウスではプロモーターとかまでいじるよりATGのあるエクソンから下流を潰すことが多いと思いますが。

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No.8631-2 - 2020/02/06 (木) 23:12:57 - ねちこ
追加ですが、生物学的にこういった現象が認められている生物いますか?
研究はじめたばかりの初心者です。

ノックアウトする場所の決め方 削除/引用
No.8631-1 - 2020/02/06 (木) 23:11:43 - ねちこ
遺伝子の機能をノックアウトして解析しようと思ったら失敗したかもです。
上流にある遺伝子のプロモーター含んでいるかもしれないのですがそれが原因でしょうか?
また、転写開始する位置等詳しくわかっていない遺伝子の上流の配列含むときって大体どれくらいノックアウトするときに残しますか?

どうか教えてくださいな

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