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Zero Blunt® TOPO® PCR Cloning Kit トピック削除
No.8624-TOPIC - 2020/02/05 (水) 09:19:28 - ねこまま
Zero Blunt® TOPO® PCR Cloning Kitを購入して、PCR産物のクローニングを行う予定ですが、この時にコロニーPCRを行いたいです。

bluntクローニングなので挿入の向きはコントロールできません。
また、ノックインのためのドナーベクターなので向きは正直どちらでも構いません。
とにかくPCR産物がクローニングされたものが取れればいいという状況です。

コロニーPCRを利用しようと思いますが、ベクター上のM13のFまたはRのプライマーと、私の興味ある遺伝子のFプライマーの3種を1つのPCRチューブに入れ、とにかくバンドが出たものをピックすればいいのか、それともやはり1つのチューブには2つのプライマーのみ(つまり、M13Rと私の遺伝子のFのプライマーペアか、M13Fと私の遺伝子のFのプライマーペアか)でPCRは行うべきでしょうか?

後者の場合だと同じコロニーを2度つつく必要があり、手間も二倍にはなりますが、手間をおしむわけではありませんが、みなさんはこんな時どうcPCRをされているのかなと思い、質問させていただきました。
 
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(無題) 削除/引用
No.8624-4 - 2020/02/05 (水) 10:34:51 - おお
3つプライマー入れてもいいとは思うけど、あまり系を複雑にするとノンすぺがでたり、系が働かなくなる可能性が増えてきますので、M13 F/Rでいいんじゃないのかなと思います。

どうしてもというなら、M13Rとその遺伝子のFのプライマーだけでやって反対に入ったほうは拾わないと決めるか。

ちゃんとクローニングの系がワークしていたら、コロニーPCRは2度でまでコロニーからミニプレップしてしまうほうが速いです。

(無題) 削除/引用
No.8624-3 - 2020/02/05 (水) 09:52:30 - ちき
3つプライマーを入れることは全然問題ありませんし、すでに回答があるようにM13 F/Rでもいいと思います。

そもそもの問題として、コロニーPCRでスクリーニングしなければならないほど効率の低いクローニングなのでしょうか。10個ひろってpositiveが出ないようなクローニングは何らかの問題をかかえてると思います。

(無題) 削除/引用
No.8624-2 - 2020/02/05 (水) 09:27:42 - ...
M13のF/Rでやればいいのでは?

Zero Blunt® TOPO® PCR Cloning Kit 削除/引用
No.8624-1 - 2020/02/05 (水) 09:19:28 - ねこまま
Zero Blunt® TOPO® PCR Cloning Kitを購入して、PCR産物のクローニングを行う予定ですが、この時にコロニーPCRを行いたいです。

bluntクローニングなので挿入の向きはコントロールできません。
また、ノックインのためのドナーベクターなので向きは正直どちらでも構いません。
とにかくPCR産物がクローニングされたものが取れればいいという状況です。

コロニーPCRを利用しようと思いますが、ベクター上のM13のFまたはRのプライマーと、私の興味ある遺伝子のFプライマーの3種を1つのPCRチューブに入れ、とにかくバンドが出たものをピックすればいいのか、それともやはり1つのチューブには2つのプライマーのみ(つまり、M13Rと私の遺伝子のFのプライマーペアか、M13Fと私の遺伝子のFのプライマーペアか)でPCRは行うべきでしょうか?

後者の場合だと同じコロニーを2度つつく必要があり、手間も二倍にはなりますが、手間をおしむわけではありませんが、みなさんはこんな時どうcPCRをされているのかなと思い、質問させていただきました。

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