Bio Technical フォーラム

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single cell RNAseq SRA トピック削除
No.8617-TOPIC - 2020/02/04 (火) 09:56:31 - TN
公共のシングルセルRNAseqのデータを用いて、解析を行おうとしているのですが、サンプル量が多く、一つ一つダウンロードするにも時間がかかり困っています。なので、一括でダウンロードする方法があれば教えていただけないでしょうか？

ダウンロードしたいデータのaccession numberは、GSE118953で、現在linuxを用いて解析しています。

よろしくお願いします。
　
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(無題) 削除/引用
No.8617-2 - 2020/02/04 (火) 11:09:14 - sw
Accession Numberのリストと、SRA toolkitを使えばできると思います。


GEOのGSM3351837のページからスタートするのであれば、
SRX4600063のリンクをクリック
Studyとある方の All runsをクリック
SRA RUN SELECTORに飛ぶはずなので、SelectとあるあたりのDownloadのAccession
Listをクリック

得られたリストを使って下記のサイトを参考にダウンロードする
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/

single cell RNAseq SRA 削除/引用
No.8617-1 - 2020/02/04 (火) 09:56:31 - TN
公共のシングルセルRNAseqのデータを用いて、解析を行おうとしているのですが、サンプル量が多く、一つ一つダウンロードするにも時間がかかり困っています。なので、一括でダウンロードする方法があれば教えていただけないでしょうか？

ダウンロードしたいデータのaccession numberは、GSE118953で、現在linuxを用いて解析しています。

よろしくお願いします。
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