バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「
新しいトピックを作る
」から書き込みをしてください。
質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。
新しいトピックを作る
|
トピック一覧
|
研究留学ネットに戻る
ひとつ前のフォーラム(readのみ)
このスレッドをはてなブックマークに追加
RNAseqとqPCRについて
トピック削除
No.8607-TOPIC - 2020/01/30 (木) 16:57:26 - ka
RNAシークエンスについての質問です。
RNAシークエンスの結果からDEseq2を使ってDEGを出しました。発現変動を確認するために、出てきたDEGをqPCRを使って発現量比較してみたのですが、RNAシークエンスと逆の遺伝子変動になってしまいました。
このようなことはよくあるのでしょうか。また原因として考えられることがあれば教えていただきたいです。
-
このトピックにメッセージを投稿する
-
全
5
件 ( 1 〜 5 ) 前 | 次
1
/
1.
/
1
(無題)
削除/引用
No.8607-5 - 2020/01/30 (木) 18:57:13 - ka
ちきさん
ご回答ありがとうございます。
ちょっと読んでみて参考にしたいと思います
(無題)
削除/引用
No.8607-4 - 2020/01/30 (木) 18:54:22 - ka
れさん
ご回答ありがとうございます。
サンプルとしてはマウスからとってきた組織からRNAを抽出し、cDNA化し・・・と言ったものです。
発現を見た遺伝子に関しては主に酸化的リン酸化関連の遺伝子群です。(Ndufb2、Cox8aなど)
採取した時間までは覚えていないのですが、だいたい同じ時間に実験はするので大きくは変わらないかなと思います・・・
(無題)
削除/引用
No.8607-3 - 2020/01/30 (木) 18:38:43 - ちき
比較的よく聞く話のような気がします。まあanomalyだから話題になるのでしょうが。
https://www.nature.com/articles/s41598-017-01617-3
(無題)
削除/引用
No.8607-2 - 2020/01/30 (木) 18:01:05 - れ
Circadian rhythm など発現が振動する遺伝子を拾ったとか?
材料の状態やサンプリング規模はどんなふうですか。
RNAseqとqPCRについて
削除/引用
No.8607-1 - 2020/01/30 (木) 16:57:26 - ka
RNAシークエンスについての質問です。
RNAシークエンスの結果からDEseq2を使ってDEGを出しました。発現変動を確認するために、出てきたDEGをqPCRを使って発現量比較してみたのですが、RNAシークエンスと逆の遺伝子変動になってしまいました。
このようなことはよくあるのでしょうか。また原因として考えられることがあれば教えていただきたいです。
全
5
件 ( 1 〜 5 ) 前 | 次
1
/
1.
/
1
パスワード
を入力してチェックした記事を
チェックした記事を
このトピックにメッセージを投稿する
名前
メール
アドレス非公開
タイトル
本文
設定
クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証
半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信
〔使い方〕
「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。