BioTechnicalフォーラム [ImageJのマクロでROIファイルと写真を同時に開きたい。]

ImageJのマクロでROIファイルと写真を同時に開きたい。

No.8577-TOPIC - 2020/01/21 (火) 14:54:09 - Daniel

### 前提・実現したいこと
ImageJのマクロ(.ijm)を使用して、写真とROIマネージャーを同時に開きたいと思っています。
写真単体 or ROIマネージャ単体で開く動作は問題なく行えるのですが、
同時に行った場合にはエラーコードが出てしまいます。

### 発生している問題・エラーメッセージ

```
File is not in a supported format,a reader plugin is not available,
or it was not found
```

### 該当のソースコード

```
d = getDirectory("C:/Users/For Programming/Documents/Python Scripts/ImageJtest/Picture");
r = getDirectory("C:/Users/For Programming/Documents/Python Scripts/ImageJtest/ROI");

files1 = getFileList(d);
files2 = getFileList(r);

for (i = 0; i < files1.length; i++)
open(files1[i]);

for (j = 0; j < files2.length; j++)
open(files2[j]);

```

### 試したこと

一通りの事は検索して調べてみたのですが、解決策にあたるものは見つかりませんでした。

### 補足情報（FW/ツールのバージョンなど）
Windows10
Fiji

###　追記
基本的なデータ前処理であったり可視化などは主にPython3を使って行っています。

ImageJもPythonを使って動かせる様なのですが、日本語文献の少なさと
Image.sc Forumで英語を通して質問を通して意思疎通する英語力がないので、ImageJのマクロ言語で実装しています。
もし日本語文献でPython3を通してImageJを動かす方法があれば教えて頂けると幸いです。
　

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wwnさんへ

削除/引用

No.8577-7 - 2020/01/21 (火) 18:03:56 - Daniel

回答ありがとうございます。
getdirectoryを別けてコードを動かす方法は知りませんでした。
ありがとうございます。

(無題)

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No.8577-6 - 2020/01/21 (火) 17:51:32 - wwn

おっと解決済みでしたか。

(無題)

削除/引用

No.8577-5 - 2020/01/21 (火) 17:50:24 - wwn

意外と片言英語や機械翻訳でも大丈夫ですよ。
私はマクロには詳しくないのですが、そもそもやりたいこが不明瞭で、、、

開いた画像に対して対応するROIを画像内に表示する
それを指定したディレクトリのファイルに対して連続的に行う

でしょうか。
ざっとやってみた感じではROI ManagerのWindowは1つしか開かないようなのでなにか工夫がいりそうです。*連続で開くとすべて同じwindow内のテーブルに展開される

d = getDirectory("Choose a Directory");
r = getDirectory("Choose a Directory");

files1 = getFileList(d);
files2 = getFileList(r);

for (i = 0; i < files1.length; i++){
print(files1[i]);
print(files2[i]);
}

これだとちゃんとlogが表示されますが、printをopenに変えると同様のエラーが表示されます。

d = getDirectory("Choose a Directory");
files1 = getFileList(d);

for (i = 0; i < files1.length; i++){
open(files1[i]);
}

r = getDirectory("Choose a Directory");
files2 = getFileList(r);

for (i = 0; i < files2.length; i++){
open(files2[i]);
}

この様にgetDirectoryを分けて書くとエラーは出ないようです。

解決しました。

削除/引用

No.8577-4 - 2020/01/21 (火) 17:15:33 - Daniel

ちきさんへ

そのコード解決しました。ありがとうございます。

(無題)

削除/引用

No.8577-2 - 2020/01/21 (火) 16:31:05 - ちき

何かちょっとソースが変ですね。

d = "/Users/hoge/picture/";
r = "/Users/hoge/roi/";

files1 = getFileList(d);
files2 = getFileList(r);

for (i = 0; i < files1.length; i++)
open(d + files1[i]);

for (i = 0; i < files1.length; i++)
open(r + files2[i]);

full pathで指定しないとだめなようです。多分ファイルが見つからないというエラーでしょう。
但し、ROI managerはひとつしか開きません。複数のファイルで指定したROIはすべてまとめられてしまいます。

http://imagej.1557.x6.nabble.com/Opening-of-RoiSet-files-td3684044.html

ImageJのマクロでROIファイルと写真を同時に開きたい。

削除/引用

No.8577-1 - 2020/01/21 (火) 14:54:09 - Daniel

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