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細菌ゲノム中のCpG island トピック削除
No.8570-TOPIC - 2020/01/18 (土) 09:14:33 - CpG island
細菌ゲノム中のCpG island(CpG observed/expected)を調べる無料のソフトをご存じの方いらっしゃいましたらご教授いただければ幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.8570-4 - 2020/01/18 (土) 15:58:23 - AP
質問では、CpG islandと言っているけれど、細菌にCpG "island"と言われるものがあるのかしらん? 
200 bp以上のスパンがあるとか、GCコンテントやCpGモチーフの出現頻度とか条件を満たしたものをCpG islandと定義するようだが。

で、CpG "island"というからにはメチル化関連かと思うのは道理でしょう。
TLR9が認識するのはCpG "motif"でオリゴヌクレオチドレベル

(無題) 削除/引用
No.8570-3 - 2020/01/18 (土) 14:57:37 - み
>[Re:2] おおさんは書きました :
> メチレーション?そんなのあるのかな。

誰もメチレーションなんて言ってないじゃん。
Tolllike receptor 9は非メチル化CpGを認識するんじゃなかったっけ?

(無題) 削除/引用
No.8570-2 - 2020/01/18 (土) 10:02:41 - おお
メチレーション?そんなのあるのかな。

細菌ゲノム中のCpG island 削除/引用
No.8570-1 - 2020/01/18 (土) 09:14:33 - CpG island
細菌ゲノム中のCpG island(CpG observed/expected)を調べる無料のソフトをご存じの方いらっしゃいましたらご教授いただければ幸いです。

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