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(無題) 削除/引用 No.8541-2 - 2020/01/06 (月) 20:02:53 - ちき 全然専門ではないので、おかしなことを言っていたら指摘してほしいのですが、、、 複数座位におけるリピート数の組は各OTUの状態をあらわしており、OTU間の差異は距離あるいは状態遷移の経路やステップ数を反映していると考えるだけのことであって、配列情報から系統推定する場合と変わりないように思います。複数の座位をその性質に応じて重みづけして扱うかどうかは、距離の定義あるいは状態遷移モデルの作り方次第なのでは。

MLVA解析の系統樹の書き方 削除/引用 No.8541-1 - 2020/01/05 (日) 11:28:53 - モチグマ 私は大学学部生であり、実験系に関しほぼ無知なゆえ、どうかお手柔らかな回答をいただけますと大変助かります。 MLVAは塩基配列ではなく、タンデムリピート数を用いて系統樹を書くとのことですが、例えば、ある株のTR1,TR2,TR3,TR4それぞれのリピート数が0,2,0,3だった場合、系統樹を書く際に用いる数値はこの、0,2,0,3という配列のみで決定されるのでしょうか? それとも、TR1,TR2などの特性も考慮した上で決定されるものなのでしょうか? 要するに、MLVAの系統樹の原理が理解できておりません・・・ また、系統樹を書くにあたり、オススメのソフトなどがございましたら、是非教えていただきたいです。 何卒宜しくお願いいたします。

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