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悪性黒色腫からDNAの分離 トピック削除
No.851-TOPIC - 2012/08/21 (火) 10:51:41 - メラニン
いつも参考にさせていただいています。

イヌの悪性黒色腫について研究しています。
臨床検体からゲノムDNAをDNeasy blood and tissue kitを分離した際に、DNA抽出溶液に色がついていることに気が付きました。色がついていることが気にかかったのですが、分光光度計、アガロースゲル電気泳動による電気泳動によってDNA濃度は測定できたので、ゲノムDNAをテンプレートにがん遺伝子の変異検索目的にPCRを行ったところ、複数のハウスキーピング遺伝子およびがん遺伝子すべてで増幅が認められませんでした。コントロールとして同個体の血液から抽出したDNAをテンプレートにしたPCRはすべての遺伝子で増幅が認められませんでした。

おそらくメラニンがPCRの邪魔をしているのでは?、と考えフェノクロ、エタノール沈殿したところ、DNAの沈殿が黒色〜褐色を示しておりメラニンが除去できていないことがわかりました。その後のPCRも増幅は認められませんでした。

もし悪性黒色腫の検体からのDNA分離がいらっしゃったらアドバイスをいただけないでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.851-5 - 2014/07/04 (金) 11:07:40 - CATMELANOMA
はじめまして。
私も現在ネコメラノーマを用いて実験を行っていますが、同様のコマーシャルキットを用いていて、
DNAに茶色の色がつき、PCR反応がうまくいきません。
なにか進捗がありましたらご教授ください。宜しくお願いします。

以前に 削除/引用
No.851-4 - 2012/08/21 (火) 14:22:23 - ema
人の黒色腫の実験をしたときに
T4 gene 32 protein
元ねた、ちょっと違うけど
http://www.nippongene.com/pages/products/extraction/isohair/hair09.html
http://www.nippongene.com/pages/products/clomod/mod_e/t4gene32p/gp01.html
でPCRができるようになりました。

(無題) 削除/引用
No.851-3 - 2012/08/21 (火) 13:13:28 - メラニン
>APさん

素早いリスポンスありがとうございます。
やはりメラニンはPCRを阻害するんですね。文献参考にさせて頂きます。

質問の内容に誤りがありましたので下記のように訂正させて頂きます。
誤り→コントロールとして〜増幅が認められませんでした
正しい→コントロールとして〜増幅が認められました

投稿前に間違いに気づかず申し訳ありませんでした。

(無題) 削除/引用
No.851-2 - 2012/08/21 (火) 11:43:55 - AP
思い当たるところがあって、ちょっと検索してみましたが、
植物からの核酸精製でよく使われ、多糖やポリフェノールを除くのに効果的なCTAB沈殿なんかは、メラニンを除くのにも使えるようですね。またメラニンはPCRを阻害するようです。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1344622399800145

悪性黒色腫からDNAの分離 削除/引用
No.851-1 - 2012/08/21 (火) 10:51:41 - メラニン
いつも参考にさせていただいています。

イヌの悪性黒色腫について研究しています。
臨床検体からゲノムDNAをDNeasy blood and tissue kitを分離した際に、DNA抽出溶液に色がついていることに気が付きました。色がついていることが気にかかったのですが、分光光度計、アガロースゲル電気泳動による電気泳動によってDNA濃度は測定できたので、ゲノムDNAをテンプレートにがん遺伝子の変異検索目的にPCRを行ったところ、複数のハウスキーピング遺伝子およびがん遺伝子すべてで増幅が認められませんでした。コントロールとして同個体の血液から抽出したDNAをテンプレートにしたPCRはすべての遺伝子で増幅が認められませんでした。

おそらくメラニンがPCRの邪魔をしているのでは?、と考えフェノクロ、エタノール沈殿したところ、DNAの沈殿が黒色〜褐色を示しておりメラニンが除去できていないことがわかりました。その後のPCRも増幅は認められませんでした。

もし悪性黒色腫の検体からのDNA分離がいらっしゃったらアドバイスをいただけないでしょうか?

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