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(無題) 削除/引用 No.8449-5 - 2019/11/27 (水) 18:52:30 - バイオインフォ ありがとうございます。 とりあえず、前に進めないといけないので、手をつけています。成功するか否かは別として。 windows環境しかないので、ubuntuをダウンロードして、biocondaを呼び起こして、pysamstatsをインストールするところまではできたのですが、input となるBam fileをどこに入れたらいいのか悩んでいます。 Windwos環境のフォルダに相当するものをどこにどういれたらいいのやら。。。 難しいですね。

(無題) 削除/引用 No.8449-4 - 2019/11/27 (水) 17:09:32 - ちき なんか、あやふやなことを書いてしまったかもしれず、申し訳ありません。 複数検体から変異を検出する際は、joint callingすることが多いと思うのですが(参考:GATKのサイト等)、そうすると変異のない検体の当該サイトのcoverage情報も同時に出力されるはずです。あとから個々の検体のcoverageを算出するのは正しい作法なのかどうかちょっとわかりません(フィルタリングの基準等が同一でなくていいのか等)。この部分の解析も外注されたのなら、外注先に問い合わせればデータをもらえるかもしれません。 pysamstatsそのものについては、pythonが動く環境をつくれば動くとは思います。Anacondaが有名ですが、私はMacなのでほとんどhomebrewで入れています。ただ、coverageを算出する座標を複数指定する方法がよくわからないので、その部分を自動化しようとすると簡単なシェルスクリプトを書く必要が生じるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.8449-3 - 2019/11/27 (水) 12:56:17 - バイオインフォ ありがとうございます。あまりにも数が膨大で自力での計算は断念しました。vcfでの提出にしたいのですが。 仮想デスクトップ (Linux??) を作成して、ソフトをインストールして、Bamを読み込ん簡単なコマンドを入力するだけでうまくいきますでしょうか。 http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/06/28/012353 なんかを参考にしたらうまくいきますかね。。。 Anacondaってなんだろうというレベルです。 Rを動かす程度の能力しかないので、苦労しそうですが。

(無題) 削除/引用 No.8449-2 - 2019/11/27 (水) 11:24:02 - ちき 私も専門外ですが、 他の検体で変異がある座標における、変異を持たない検体でのdepth (coverage)ということなら、samtools等の標準的なツールで算出可能に思います。変異ごとのカウントが必要ならpysamstatsなども良さそうです。(ちょっと試した限りではうまく動きました。) 何ならIGVで表示して自分で数えるとか。

depthの計算 削除/引用 No.8449-1 - 2019/11/27 (水) 08:46:27 - バイオインフォ バイオインフォマティクスの素人です。 同一患者から、複数検体を採取し、全てに関して、Exome解析を外注で行いました。 共同研究者から、遺伝子変異のリストとともに、その変異を持たない検体でのdepthも同時にリストアップしてほしいとの要望があったのですが、 Bam fileから抽出することは可能でしょうか？ もし可能であれば、どのソフトを使えば可能になりますでしょうか？ 現在手元にあるのは、基本的には、Bam fileファイルとmutationとそのdepth及びallele frequencyを載せたリストのみです。

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