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RNA抽出キットでRNAse除去されますか? トピック削除
No.8407-TOPIC - 2019/11/14 (木) 11:39:29 - ひろすぃ
手元にプラスミドを鋳型として転写させたRNAがあり、それを
RNA抽出キットを使ってRNAのClean up処理を行なっています。
(私が使っているのはキアゲンのRNeasy Miniキットです)
前任者から、引き継いだプロトコルですが、疑問があり、質問です。
RNA clean upのキットでRNAseは除去されるものなのでしょうか?
私の認識としてはこの場合、RNA clean upは鋳型のDNAなどを除去する行程と認識していたもので。

自分が行っていてる実験の概略は
1.プラスミドはE.coliから抽出したあとイソプロパノール処理し、
2.DNA clean upして、オートクレーブ済のチューブに回収しています。
3. それを鋳型にするための処理をした後、RNAに転写し、上記のキットでclean upしています。

キットの説明では、「RNase 含有量の多い細胞株から RNA を精製する際には、β-ME(β-mercaptoethanol)をBuffer RLTに添加することをお奨めします。」とは書かれているものの、それ以外の場合にはRNAse除去について触れらていないので、どうなんだろうと思った次第です。イソプロパノール処理などの過程でRNAseが除去できている前提なんでしょうか?
不勉強で申し訳ありませんが、ご教示よろしくお願いいたします。
 
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ありがとうございます。 削除/引用
No.8407-7 - 2019/11/16 (土) 23:08:04 - ひろすぃ
皆様

ありがとうございます。RNAを長期に凍結保存するので、RNaseの混入が気がかりでした。除去できているようで安心しました。

(無題) 削除/引用
No.8407-6 - 2019/11/16 (土) 22:11:08 - ロジー
ちなみにDNA(genomic DNA, mitochondrial DNA等)は途中でカラムにDNaseをかける処理をしないと残っちゃいますよ。DNaseではズタズタにするとシリカへの吸着率が落ちて、washで流れます。

(無題) 削除/引用
No.8407-5 - 2019/11/14 (木) 12:22:04 - おお
基本的に蛋白などの夾雑物をふくむRNAから、夾雑物を取り除きRNAを精製するものです。大抵の場合は精製後RNAを分解するような活性は精製RNA溶液に含まれていません。

(無題) 削除/引用
No.8407-4 - 2019/11/14 (木) 12:18:53 - AP
具体的にはグアニジンや界面活性剤を含むバッファーでRNaseも含めすべてのタンパク質を変性、可溶化(これを補助するためのSH剤)、RNAをシリカに吸着させた状態でタンパク質やDNAなどの不純物を洗い落としています。

(無題) 削除/引用
No.8407-3 - 2019/11/14 (木) 12:14:34 - AP
もともと生物材料(細胞、組織)からRNAを精製するためのシステムです。
当然、生物材料に由来する多量のRNaseを除去できるように設計されています。

(無題) 削除/引用
No.8407-2 - 2019/11/14 (木) 11:56:29 - seventh
英語版の方にはどんな処理か書いてあります。Qiagenでは日本語ハンドブックの方は省略されている場合が多いので英語版をあたったほうがよいです。

RNA抽出キットでRNAse除去されますか? 削除/引用
No.8407-1 - 2019/11/14 (木) 11:39:29 - ひろすぃ
手元にプラスミドを鋳型として転写させたRNAがあり、それを
RNA抽出キットを使ってRNAのClean up処理を行なっています。
(私が使っているのはキアゲンのRNeasy Miniキットです)
前任者から、引き継いだプロトコルですが、疑問があり、質問です。
RNA clean upのキットでRNAseは除去されるものなのでしょうか?
私の認識としてはこの場合、RNA clean upは鋳型のDNAなどを除去する行程と認識していたもので。

自分が行っていてる実験の概略は
1.プラスミドはE.coliから抽出したあとイソプロパノール処理し、
2.DNA clean upして、オートクレーブ済のチューブに回収しています。
3. それを鋳型にするための処理をした後、RNAに転写し、上記のキットでclean upしています。

キットの説明では、「RNase 含有量の多い細胞株から RNA を精製する際には、β-ME(β-mercaptoethanol)をBuffer RLTに添加することをお奨めします。」とは書かれているものの、それ以外の場合にはRNAse除去について触れらていないので、どうなんだろうと思った次第です。イソプロパノール処理などの過程でRNAseが除去できている前提なんでしょうか?
不勉強で申し訳ありませんが、ご教示よろしくお願いいたします。

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