BioTechnicalフォーラム [タンパク質の網羅的定量解析]

タンパク質の網羅的定量解析

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No.8392-TOPIC - 2019/11/11 (月) 15:42:08 - 網羅解析

タンパク質を網羅的に定量解析する方法はありますか？
ELISAのように個々の定量をしたり、いくつかプローブをmixできる～plexは拝見したのですが、もっとダイナミックに定量解析できる方法がないものかと。
　

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No.8392-8 - 2019/11/13 (水) 12:14:39 - asan

>賛否についてはいろいろ意見はあると思うけどiTLAQは組織でも細胞でもいけるし、自分で特別な試薬揃える必要ないし、自分でやる部分はあまりなくて、事実上分析委託の費用だけだからどうだろうか。

iTRAQはイオン化効率やら定量性にちょっと癖があるし、ちゃんとやるなら測定の仕方や機械を選ぶので測定先が扱ったことがないなら個人的には避けたほうがいいと思いますよ。試薬もなんだかんだ結構高いです。

目的にもよりますが、最近はノンラベルでもある程度比較はできますが、培養細胞ならやっぱりSILACが確実。wakoかなんかで売ってるメジャーなやつならそんな高くないです。あとはどのくらいの深さの網羅性を求めるか、定量性を犠牲にしてノンラベルでサクッとやるかは考え方次第。

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No.8392-7 - 2019/11/13 (水) 00:52:23 - bんjk

SILACは15年くらい前が全盛期でもちろん今でも十分通用する有用な方法とは思うけど培養細胞専門で組織タンパク質とかだと壁があるし、あの安定同位体ラベルアミノ酸は高いので使用量考えると買うのを躊躇する。賛否についてはいろいろ意見はあると思うけどiTLAQは組織でも細胞でもいけるし、自分で特別な試薬揃える必要ないし、自分でやる部分はあまりなくて、事実上分析委託の費用だけだからどうだろうか。

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No.8392-6 - 2019/11/11 (月) 21:51:55 - 独り言

SILAC
https://www.biochem.mpg.de/221777/SILAC

SILACは比較したい2種（もしくは3－4種ぐらいまでラベルできる）の細胞をそれぞれ異なるアイソトープラベルしたアミノ酸を取込ませ、一方に興味ある刺激を行ったあと、それぞれの細胞のライセートを等量混ぜ全タンパク質の発現量を同時に質量分析することで、タンパク質を網羅的に定量比較する手法です。

SILACで調べれば色々解説が出てくると思います。

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No.8392-5 - 2019/11/11 (月) 21:20:11 - 網羅解析

moz様、独り言様

ELISAで1つずつ調べる内容を網羅的に解析できる方法を探しています。

サンプルは精製しておらず（実施することは可能）タグも付加していません。
測定範囲は1pg～1000ngぐらいを見られれば十分です。解析対象は抽出物中の全タンパクです。なので数千種類以上にのぼるものと想定しています。
電気泳動のバンド強度やサンプル間の比較解析（相対定量）といったやり方はヒットするのですが、あくまでも網羅的に定量（濃度算出）をしたいのです。
アイソトープラベルの方法は詳しくないのですが、これを用いることでクルードサンプル中のタンパクを網羅的に解析できるのでしょうか？

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No.8392-4 - 2019/11/11 (月) 18:47:06 - 独り言

普通に質量分析じゃないですか。
SILACなどのアイソトープでラベルして。

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No.8392-3 - 2019/11/11 (月) 18:00:26 - moz

それとも抽出液中等の全タンパクを定量するのですか？
それなら質量分析機を使った方法が報告されていたと思います。
解像度は低いですが、電気泳動のバンド強度を定量するとか（Agilent 2100 BIOANALYZERなら自動かも）？

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No.8392-2 - 2019/11/11 (月) 17:55:32 - moz

情報が少なすぎる。
精製されていない（不純物が多い）かつ、タグが付加されていないタンパクですよね？
濃度範囲はどれくらいを想定していますか？