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(無題) 削除/引用 No.8384-21 - 2019/11/09 (土) 19:48:17 - 774 > 引き継いで検証していたら初期条件がおかしくて捏造のつもりはなくてもアーチファクトでしかなかったということもありました。 再現できなくても良い訳はない補強事例として。 この件は故意ではないとして不正認定はされませんでしたが、論文は撤回となり、学位申請時の主論文撤回ということで剥奪(無効?)になりましたよ。 災難と言えば災難だけども、自分の学位研究の条件設定を正しく出来ないなら仕方ないでしょうね(引き継いだ修士学生が気付く程度のことだし)。 まあそこは要点でなくて、明らかな捏造でない限り、一報で真偽を問うのはナンセンスで追従されたり反証されたりで次第に評価が定まるものだと言いたかったのだけども。

(無題) 削除/引用 No.8384-20 - 2019/11/09 (土) 18:30:40 - 独り言 老婆心ですが なんか、 このスレッドを読んだ学生が、 トップジャーナルに載っている結果が再現されなくてもいいのなら、自分も適当なデータを出して、再現できなくても論文出しちゃおうなんて、思い込みそうで恐ろしいです。 自分のデータは自分で再現できることが、まず論文にするための最低というか絶対条件です。他の研究者に、再現できないといわれたら、じゃあこちらの研究室まで来ていただければ、目の前で再現しますよと、言える実験をしなきゃだめだよ。

(無題) 削除/引用 No.8384-19 - 2019/11/09 (土) 14:50:52 - qqq > 小保方さんもこんな感じなんでしょうかね。 あれを無知無学故の失敗で片付けたら駄目でしょう。 学部生の学生実習なら叱られ、卒論なら罵倒されて研究から離れれば良い話ですが、本当に悪意の無い無知無学だとしても、あれに学位をやったのがそもそもアカン。 まあ学生さんは自己防衛のためにも実験記録はしっかり書きましょう。 頑張ってね。

(無題) 削除/引用 No.8384-18 - 2019/11/09 (土) 13:42:53 - アルファ みなさまありがとうございます。 暗証番号を入れていなかったっため、解決マークがつけられませんが、解決とさせていただきます。 不正をしたつもりがなくても、いつの間にか不正をしていた。（小保方さんもこんな感じなんでしょうかね。） なんてことがないように修論に向けて頑張ります、 多くのコメントありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8384-17 - 2019/11/09 (土) 07:42:10 - abcd >例えば、一つの論文の中で、中心となる最重要データについては再現するけれど、それをサポートする実験としてリバイスで要求され追加されたデータ（２ヶ月くらいで急いで出したデータ）が再現しない場合とか、どうですか？　そういう論文は「再現性のない」論文でしょうか？ 私だったら「再現性の無い論文」として取り扱います。捏造を指摘されたラボの論文のリトラクトの文章で「図xに間違いが見つかり…」「論文のメインの主張には影響しないが…」「リトラクトすることにした。失礼しました」というのはよくあるフォーマットじゃないでしょうか？ 仰ることはわかるのですが、実際にそういう形の論文ってほとんど無いと思うのですがどうでしょうか？学生レベルであっても、科学者のプライドを持ってる人は、リバイスで要求され追加されたデータだってあやふやな形では出さないものだと思います。 一箇所でもやってる奴は結局は他のところでもやってるよなあ、という印象があります。私も昔は「GAPDHの使いまわし位だったらそこまで大騒ぎしなくても……メインの主張には確かに影響しないだろうし……」と思っていましたが、今は、たいていそういう人（かラボか）は他のデータでもごまかしをしてるもんだな、と思ってます。実際にそういう人に会ったり、話を聞いたりの結果です。似たような経験をされてる方は他にもおられるようですね。 >一つの実験系に何年もかけて習熟したベテランの研究者のデータを、論文を一回読んでその通りにやってみた初心者が再現できない場合 そういう場合その初心者は「捏造だ！」とか騒がないでしょう。初心者だけに、まずは自分の手技を疑うと思いますし、周りにいる人も、まずトラブルシューティングから始めましょう誰もが通る道です、と言うと思います。 >料理のレシピは同じでも、誰が作るかによって味が全然違う場合に、再現性がないからダメと言われますか？　 料理と研究は別物だとしか言いようが無い。 >論文にできるのは、誰でも一回読めば再現できるくらい簡単な手技（あるいは自動化された技術）で出されたデータだけ、となると味気ないように思います（が、最近の技術革新は、こちらの方向へ向かっているようですけどね）。 味気がある無しはサイエンスの再現性とは関係の無いことだと考えるべきだと思います（と書きつつ、仰ることよくわかります。「世界で彼にしか出来ない…」なんて言われたいというちょっと子供じみた夢を持ってた時期が私にはありました）。 >再現しないと騒ぐ前に、できる事をやって見る事が重要だと、言われましたよ。 知人が似たようなシチュエーションになったことがあり、その時、知人ラボの「出来る」テクニシャンがボスを通じて相手ラボに話を持っていったところ、結果、相手ラボのボスから詫びの言葉を貰い、相手ラボのスペシャリストの首が飛びました。こういう場合もありますし、これだけ再現性が取り沙汰されてる昨今では、結局のところ再現しないというオチになる場合の方が多いんだろうなあと思いますが、私は懐疑主義が行き過ぎてるだろうか？Mさんは、少しの工夫で再現出来るようになる実験結果の方が多いはずだと思われますか？

(無題) 削除/引用 No.8384-16 - 2019/11/09 (土) 05:07:24 - M 「再現が取れない」をどう定義するか定まらないと、議論は難しいと思いますよ。 例えば、一つの論文の中で、中心となる最重要データについては再現するけれど、それをサポートする実験としてリバイスで要求され追加されたデータ（２ヶ月くらいで急いで出したデータ）が再現しない場合とか、どうですか？　そういう論文は「再現性のない」論文でしょうか？ 例えば、一つの実験系に何年もかけて習熟したベテランの研究者のデータを、論文を一回読んでその通りにやってみた初心者が再現できない場合は、どうでしょう？　 論文記載のメソッドだけでなく、熟練研究者の修練の過程まで含めて再現を試みた上で議論されるべきかもしれません。料理のレシピは同じでも、誰が作るかによって味が全然違う場合に、再現性がないからダメと言われますか？　論文にできるのは、誰でも一回読めば再現できるくらい簡単な手技（あるいは自動化された技術）で出されたデータだけ、となると味気ないように思います（が、最近の技術革新は、こちらの方向へ向かっているようですけどね）。 JBCの8割が再現できないというのは初めて聞きましたが、自分でもJBCに出てたコラボレーターの過去論文のメソッドで、再現が取れなかった経験があります。この時は、ベテランのテクニシャンと相談し、幾つか方法論に修正を加えた結果、ほぼ同じ結果が得られるようになりました。厳密な意味では再現してませんが、これくらいは普通にある事だと、そのテクニシャンに言われて、勉強になりました。再現しないと騒ぐ前に、できる事をやって見る事が重要だと、言われましたよ。

(無題) 削除/引用 No.8384-15 - 2019/11/09 (土) 02:57:29 - おお >正直CNSを連発している方の多くは、データの出し方が杜撰で、バンドは別の遺伝子で代替したりしていますし、都合の悪いデータは見て見ぬふりをします。そういうのを間近で見てきました。 それはどのように調査されたのでしょうか。 「バンドは別の遺伝子で代替」これは一番やっちゃいけないことだとは思いますが、、、 「都合の悪いデータは見て見ぬふり」表面上相反すると思えても、そう結論づけるところまで行かないこともあります。そういうときは他の実験などから総合的に見ることになります。もちろんほんとに都合悪いデーターもあるでしょうけど。

(無題) 削除/引用 No.8384-14 - 2019/11/09 (土) 02:44:07 - 駒込 こういうことを言って良いんでしょうか。。 正直CNSを連発している方の多くは、データの出し方が杜撰で、バンドは別の遺伝子で代替したりしていますし、都合の悪いデータは見て見ぬふりをします。そういうのを間近で見てきました。 東大や阪大の新進気鋭の教授すらデータの扱いは杜撰で、某サイトで指摘されています。氷山の一角で、もっとあくどいものがあります。それでものうのうと教授面していますし、そういう教授の下には、優秀な学生が集まってしまって、本当に良いデータが出ることがあるから研究というのは恐ろしいです。

(無題) 削除/引用 No.8384-13 - 2019/11/09 (土) 01:54:46 - abcd >再現性をどう考えるかは難しい。別に意図を持って故意に不正などしてなくてもその時は確かにそうういうデータが出たのだが、その後２度と出ないということは実際あるし。みんなそういうことはいわないだけで。 そういうことだったらちっとも難しくないような。「みんなそういうことはいわないだけで」なら、自分でも同じデータを出せないことに既に気づいている訳でしょう？ならば、一度出たデータが二度と出ない、再現できないならば、再現性は無い、ということじゃないの？「あの時は確かにこういうデータになりました、不正なんかしてません、本当にそういうデータになったんです。ま、自分でも再現できないけど」これで押し通して論文にしてしまって良いのだろうか？ 驚くことには、これで押し通す人が本当にいるんだよな。チャンピンデータ（間違ってないぜ）で論文を書く。恐ろしいことだよ。

(無題) 削除/引用 No.8384-12 - 2019/11/09 (土) 00:36:00 - い 何か新しいことをするときに、先行研究を慎重に精読して、必要なら追試もして、実験のデザインや方法、データの評価があてになりそうか、なんか変かを自分の目と手と頭で見分けられるようになれば研究職を生業としてどこ行ってもそれなりにやっていかれると思う。偉い人が褒めてたor無視してたからとか、CNSに載ってるからorしらん雑誌だからとか、IF高いor低いとかラボや研究者の有名か無名かとか、ましてや著者の所属大学とか職位とか、素人みたいな視点でバイアス入ってしまう人は気をつけたほうがいい。そういうのを全部隠してデータだけを拠り所にしたほうがいい。 再現性をどう考えるかは難しい。別に意図を持って故意に不正などしてなくてもその時は確かにそうういうデータが出たのだが、その後２度と出ないということは実際あるし。みんなそういうことはいわないだけで。 原因もいろいろあると思うし、例えば細胞の問題（PDLの違い、血清のロット差、密度ーー）、動物の問題（飼育環境 SPF or conventional, clean-----,（ SPFの微生物モニターの基準は施設によって違うのです）、餌のメーカーの違い）など挙げればきりがないです。抗体がなくなってきて、いい抗体を産生していたウサギも死んでしまい、新たに免疫したら２度と良い抗体が得られなかった、とかは実際抗体作ってるとしばしば遭遇するし、そういうことで抗体の分与を断られたこともある。だから素人はともかくプロの人は再現性ない＝インチキとかあやしい、とかはとくに言われた方の被るダメージのおおきさを考えると軽々にいうべきではないと思っています。 新しい雑誌を中心にいろいろ新しい試みも始まっています。生物を扱う以上、再現性のあるデータの難しさは十分認識して、methodやmaterialsに関する情報をできる範囲で最大限詳細に開示し、再現性が難しいときに、当事者も含めて（当事者を非難するのではなくて）みんなんでその原因を議論検討できるようなフォーラムをJournal内に併設することも今後可能になるのではと思います。

(無題) 削除/引用 No.8384-11 - 2019/11/08 (金) 10:38:53 - おお >勘違いされたら嫌なので書きますが、私の主張は、9割は腐ってると思う（だからこの世界は腐ってるという表現をする）が、残り1割はしっかりしており、 主張がおかしいと言うつもりはありません。今までいろいろ自分では新たなことを取り入れてきましたがそのために参照した論文で９割がうまく行かなかったということは私の経験ではないです７、８割は有用な情報だったと思います。確かに論文調査である程度ふるいが意識してなくともかかっているでしょうけど。 まあやっている実験などによってこういう数字は変わってくるでしょうけど。qPCRでちょっと上がったとか下がったとかいう類がメインの論文は確かに私もホントかなぁと思ってしまうふしがあります。

(無題) 削除/引用 No.8384-10 - 2019/11/08 (金) 09:58:50 - 774 一グループが主張しているだけでは真と言い難く、他のグループがフォローする結果を出さないと信憑性がないという意味では、個別の結果は等しく信憑性がありません。 結果を積み重ねないと客観的には判断できないということです。 なので流行らない話題をやっていると誰も追従してくれないので黙殺されたりする(十数年経って日の目を見ることもありますが)。 こういう信憑性の話と、実際にその結果が真であるか否かは別の話です。 再現性については条件設定をどれだけ厳密にする必要があるか問題で。 再現できなくて問い合わせてみると論文には書かれていないことで条件が違ったということもまああります。 ラボ内でも先輩後輩の引継ぎは雑な人は雑ですし。 引き継いで検証していたら初期条件がおかしくて捏造のつもりはなくてもアーチファクトでしかなかったということもありました。 条件設定というのは本当に難しくて、 創薬系ではモデル動物ではうまくいった→健常人での動態は仮説通りだった→3相試験で効かなくてドロップ、ということも少なくありません。 実際の患者は病態が同じとして一つの群にするけれど個々の条件はバラバラですから。

(無題) 削除/引用 No.8384-9 - 2019/11/08 (金) 09:51:50 - 小言幸兵衛 「弱い証拠をもとにたくさん刺激的な論文を発表する人」が「長い時間をかけて十分な証拠を集めて数少ない論文を発表する人」よりも報われ、自分以外の科学者や企業がフォローアップ研究を行ってくれ、論文を発表した科学者がリスクを負わなくてよい世界 https://gigazine.net/news/20191031-incentivizing-bad-science/

(無題) 削除/引用 No.8384-8 - 2019/11/08 (金) 09:45:32 - mp 生命科学における再現性の問題は「生命科学クライシス」という本に総説的に書かれていいます。読むと結構暗澹たる気持ちになりますが、もし興味があれば一読されることをお薦めします。

(無題) 削除/引用 No.8384-7 - 2019/11/08 (金) 05:19:35 - おお >試薬のロットが違うだけで、再現が取れないような研究って、どれほどの意味があるのでしょうか。 試薬のロットが原因で再現性が取れないなら、うまく行っていた実験自体は偽りのないものだろうと言えるのでそこは考慮に入れたほうがいいと思います。

(無題) 削除/引用 No.8384-6 - 2019/11/08 (金) 04:16:50 - abcd >発表された実験系を自分のラボで立ち上げようとしたがうまく行かないので実際に論文を発表したグループの研究室に行って習ってきたなんてケースもあるし。 クローン羊のドリーは、本人たちですら再現できなかったという話がありますね。でもこれは真実の結果でした。 クローンの話から続けると、W山先生がマウスのクローンを作った時に、再現できないと言われたラボに出かけて行って実際に手技を教えてその場で再現させたという話をされていました。なので、STAP細胞の時も最初は「うちではきちんと再現できてるんだから、疑われていたって平気です」という彼のコメントを信じてSTAP細胞はきっとあるだろうと希望を持っていた人も多かった。結果はご承知の通り。なんだったんだあのコメントは。 >iPSも最初は再現性という意味で懐疑的な意見がまあまああった これは、３ヶ月もしないうちから再現できたという報告がそこかしこからされていたと思います。画期的過ぎて「そんなすごい話、本当なのかい？」と思われただけで、「再現できないぞこれ本当なのか？」と疑われた訳では無かったような。 確かに「再現できない嘘に違いない」と思われていたが実際は真実の結果だった、という話もあると思います。しかし、長い間「あそこの仕事は再現できない、捏造に違いない」と思われててやっぱりそうだった、という話の方が圧倒的に多いような。RNAiのタイラグループの仕事とか。 勘違いされたら嫌なので書きますが、私の主張は、9割は腐ってると思う（だからこの世界は腐ってるという表現をする）が、残り1割はしっかりしており、研究者を目指す人はその1割になりましょう、というものです。ついでに言うと、実験研究の世界は楽しいから、全体として腐ってはいても挑戦するだけの価値があるとも思っています。自分自身がこの業界に残っているのもそういう理由です。

(無題) 削除/引用 No.8384-5 - 2019/11/08 (金) 02:54:47 - おお 再現性がとれない要因を追求しないで腐っていると一刀両断するのはいかがなものかと。発表された実験系を自分のラボで立ち上げようとしたがうまく行かないので実際に論文を発表したグループの研究室に行って習ってきたなんてケースもあるし。ただ改めるべき事がないと言っているわけではないです。 アフリカツメガエルの卵細胞の核を不活性化して体細胞の核を移植した実験は衝撃的でしたが再現性が取れないと否定的な空気がしばらく漂ってたらしいです。ｉPSも最初は再現性という意味で懐疑的な意見がまあまああったと漏れ聞きます。 ロットといえば血清のロットは実験の結果を左右する大きな要因でした（今でもそうでしょう）。でもいろいろな研究のおかげでその左右する原因がわかったものもあります。 再現性が取れない要因として取り除くべきこともあるでしょうが、そうでないものも含めていろいろな観点から理屈に合うものが全体的な成果として残っていくという側面もあると思います。 ＞この経験から、分子生物系の論文や成果ってどれほどの信憑性があるのか気になっています。 一方で画期的な新薬がでたり、その他の分野でもいろいろな成果があることをどう思われますか？

(無題) 削除/引用 No.8384-4 - 2019/11/08 (金) 02:08:06 - abcd >分子生物系の論文や成果ってどれほどの信憑性があるのか https://blog.goo.ne.jp/toyodang/e/1316a8dad8d53aef57063e651b0763cb 河野先生に言わせると、追試のできない、つまり、他者がやって再現できない論文がたくさんあり、定評のあるJournal of Biological Chemistryの論文ですら、8割は追試ができない、というものでした。 敢えてぶっちゃけて言うと、ほとんど無い。APさんのコメントにあるリンクでも7割が追試出来ないとなっている。上につけたリンクで「8割が追試できない」と言っているのは1980年代の話で、ある意味「普遍的に再現性の無い論文が大量に生産されてきた」のがバイオの世界かもしれない（工学系のの友人に言わせたら、誇張、錯誤、間違いなんかを含めたらうちも似たようなもんと言っていたから、ある意味「科学の世界」かも）。私個人の肌感覚で言うと、9割無い。「研究室によって使用する機械も違いますし、抗体のロットが違うというのも原因となる」は「理屈の上ではそういう可能性もあるでしょう？」という言い訳に過ぎないことが殆どだよ。「50%の研究者は自身の研究の再現にも失敗している」のだ。そして、そんな論文であっても評価されて著者は出世していく。こう書いてしまうと身も蓋もないし反論される方も多いだろうが、私にはかなり腐った世界に見える。 とはいえ、「再現性のある業績」で世界的に名を成すような立派な研究者もいる訳で、そういう人になれるように頑張るしかないと思う。たとえ小さなことでも捏造に手を染めずにやり続けていくのは結構大変だ。正直に言うと、私も「論文の本筋にたいして影響するわけでもないのだから、この数値をちょこっとイジれば…」と思ったことは数回ある。でも、そんな真似はしてこなかった。運良く立派な研究者に育ててもらったのも一因だと思う。そもそも自分が研究しているのは実験研究自体が面白い、未知の領域に入っていって自身が世界で初めての発見者になるのが面白いからで、他者からの評価を上げるために捏造をするなんて意味がないからだ。 >試薬のロットが違うだけで、再現が取れないような研究って、どれほどの意味がある そのロットを使えば間違いなく再現が取れる、のであれば意味を見いだせることもあるよ。FBSのロットの違いで結果が左右されるなら、結果の出るのと出ないのと差異を調べて、新しい知見が得られるかもしれない。まぁ、めったにそんなことは起こらないんだろうけれど…。自分の研究室でなら衆人環視の目に晒されていようが間違いなく再現できます、であれば論文にする意味はあると思う。

(無題) 削除/引用 No.8384-3 - 2019/11/07 (木) 18:58:20 - 独り言 再現性がないことを、生物学だからといって他人のせいにするのはおかしいです。生物学でも再現性があるすばらしい実験をやって、論文をだしている人はたくさんいます。 確かに生物学は、個体差や、抗体、細胞の違い、また、国によっては温度や湿度の違いなど多くのことが結果に起因して、結果に影響する場合があるかもしれません。 トップジャーナルに載っている結果でも再現できないものはあります。トップジャーナルだからと、すべては信用できません。 なので、一報しか報告のない結果や、同じラボからしか報告がない結果は再現性は不明です。 複数のラボから同じ結果を得られていることが、支持され、積み上げられ、この分野のコンセンサスとなります。 そうすると、あのラボは再現性高い論文が多いから、新しい論文も信用できそうだとか、このラボの論文は再現性は低いから新しい論文も怪しいなぁとか、経験をつんでいくのです。 だからたくさん論文を読まなければなりません。 しかし、自分のラボでの実験は、実験条件がかなり同一にそろえることができるので、それでも再現性低いのは、ラボのなんらかの管理が、度を過ぎて欠損しているとか、もしくはアッセイ系がそもそも不安定かつ、手技も適当な人がやっている可能性があり、致命的なことです。なぜ結果がぶれるのか、しっかりと考えて、きちんと解決しないと、ずっと意味のない実験を繰り返すことになってしまいます。 実験には、必ず原理があります。なぜ結果が変ってしまうのか、原理から考えていけば、必ず原因があります。それを考えるのが、研究を続ける上でとても重要なことです。

(無題) 削除/引用 No.8384-2 - 2019/11/07 (木) 18:34:40 - AP 再現性の危機 https://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%86%8D%E7%8F%BE%E6%80%A7%E3%81%AE%E5%8D%B1%E6%A9%9F "1500人の科学者を対象にした2016年の調査によれば、70%の研究者が他者の実験の再現に失敗した（50%の研究者は自身の研究の再現にも失敗している）。" 主義の習熟度とか使用している機器、試薬の違いなどの素朴な要因を排除しても、再現性には根深い問題がある。 万能の解決策があるわけじゃない。そういうことを頭に置きながら、身に降りかかる火の粉だけはなんとか避けて粛々と自分の仕事をするしかない。

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