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E-boxに結合する転写因子 トピック削除
No.8371-TOPIC - 2019/11/05 (火) 19:14:51 - 転写因子
ある転写因子に着目しているのですが、Eーboxに結合することが知られています。
E-boxとはCACCTGという配列のようですが、この配列が無い領域には結合しないのでしょうか?
ChIP-qPCRで結合を確認しようとChIPアトラスを使って結合領域を見てるのですが、その転写因子が結合するピークの配列を見てもCACCTGは含まれていませんでした。E-boxに結合する転写因子に限らず、特定の配列に結合すると言われているものでも、こういった例外はよく見られるものなのでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.8371-4 - 2019/11/06 (水) 08:27:26 - ちき
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867415003049
など。

JASPARも参考になります。
http://jaspar.genereg.net

(無題) 削除/引用
No.8371-3 - 2019/11/06 (水) 01:26:10 - おお
また、他の転写因子を解して間接的あるいは弱いアフィにティーで結合している場合もあるかも知れません。

(無題) 削除/引用
No.8371-2 - 2019/11/06 (水) 01:02:51 - おお
https://www.google.com/search?q=e+box+consensus+sequence&client=firefox-b-1-d&sxsrf=ACYBGNRh5OYtzx5NPZpk2IqDiRtqEtQlow:1572969193573&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=0ahUKEwj37JnwttPlAhUBW60KHf-KADIQ_AUIESgB&biw=967&bih=525#imgrc=3yR3lvsUPw1tqM:

大雑把にCANNTGで絶対にCACCTGとはいえません。

E-boxに結合する転写因子 削除/引用
No.8371-1 - 2019/11/05 (火) 19:14:51 - 転写因子
ある転写因子に着目しているのですが、Eーboxに結合することが知られています。
E-boxとはCACCTGという配列のようですが、この配列が無い領域には結合しないのでしょうか?
ChIP-qPCRで結合を確認しようとChIPアトラスを使って結合領域を見てるのですが、その転写因子が結合するピークの配列を見てもCACCTGは含まれていませんでした。E-boxに結合する転写因子に限らず、特定の配列に結合すると言われているものでも、こういった例外はよく見られるものなのでしょうか?

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