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(無題) 削除/引用 No.8353-6 - 2019/10/30 (水) 01:31:03 - おお Exosap-IT express で分解されたってことは、スペシフィックなProductじゃなかった可能性は、、、

(無題) 削除/引用 No.8353-5 - 2019/10/28 (月) 14:06:01 - AP PCRの酵素は何をつかっているのかな？ 校正活性のある酵素だとdNTPが枯渇した状態だと3' exo活性のみが働いてPCR産物を分解する可能性がある。ExoSAP-ITはフォスファターゼでdNTPを除去するし、PCR酵素を失活または除去する過程を経ずにインキュベートするので、原理的に言っても校正活性のあるポリメラーゼを使用するのはまずいだろう。 >PEG沈よりも手軽ではやいと思います。 数サンプル、せいぜい12サンプル（遠心機に一回でかけられる上限）くらいなら同意だけれど、48とか96とかならどうよ。96-wellフォーマットのカラムなんかもあるけれど高価だしかえって面倒。そういうときにこそExoSAP-ITが力を発揮するんだけれど、費用対効果、労力対効果ではPEG沈はかなり優秀。で、先の書き込みはわざわざ「そういうときにはPEG沈殿がおすすめ」と言ってるわけで。

(無題) 削除/引用 No.8353-4 - 2019/10/28 (月) 12:53:19 - ちき カラムではなく、シーケンス反応の精製に用いるCleanSEQを、鋳型精製にも使ってました。PEG沈よりも手軽ではやいと思います。1本あたりではExoSAP-ITより安いはず。 CleanSEQはSPRIなのでシリカじゃないですね。間違ってました。

(無題) 削除/引用 No.8353-3 - 2019/10/28 (月) 10:54:26 - AP >同時に泳動した低濃度の別の細菌は問題なくバンドを確認しています。 これの意味が取れない。 細菌が低濃度なの？　何を基準に低濃度なの？ サンプル数が多いときはカラム精製は面倒くさい。その点、ExoSAP-ITは便利だけれど高価。 そういうときにはPEG沈殿がおすすめ。プレート遠心機があれば96-wellフォーマットでもいけます。

(無題) 削除/引用 No.8353-2 - 2019/10/26 (土) 10:07:24 - ちき expressではない、昔のExoSAP-ITだけど似たようなことを言っている人がいました。解決方法は不明みたいですが。 https://www.researchgate.net/post/Problem_with_ExoSAP-IT_Purifying_PCR_products ExoSAP-ITも悪くないけど、シリカで直接精製すればプライマーもdNTPも除けるので、自分のハンドリングするサンプル数ではあまり必要性を感じていません。

Exosap-IT express 精製後のバンド消失 削除/引用 No.8353-1 - 2019/10/26 (土) 09:28:20 - R&D 16S rDNAの塩基配列をシーケンスして細菌の同定を試みています。 　目的の領域をPCRで増幅させ、電気泳動でシングルバンドを確認できました。その後、Exosap-IT express で精製し、DNA量を算出するため再び電気泳動したところバンドが消えてしまいました。 　同時に泳動した低濃度の別の細菌は問題なくバンドを確認しています。 原因と対処法についてご教示ください。

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