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(無題) 削除/引用 No.8341-4 - 2019/10/22 (火) 17:36:08 - asan microarrayはその原理上ハイブリダイズする領域が限られてるので、場合によってはオフターゲットを拾うことはありますよ。普通は複数の領域でノーマライズとかしてることが多いですが、それでもRNAseqのようにエキソンごとのリードを見れないので、たまたま選んだ場所が別の遺伝子の増幅を拾ってしまったとかそういうことでの誤差はあるといえばあります。 さらに言うと、このての大規模解析は特に絶対量が少ないものにかんしては偽陽性が出やすいので、結局false positiveを拾ってないかどうかは個別に調べるしかないのです。 この辺は多重検定をしてると思いますが、例えばFDRが0.01で信頼区間を切ったとしても個別の変動がたまたまその1%の偽陽性に入ってないと言う保証はないと言うことです。あくまで全体の信頼性の問題です。 前者は技術的な落とし穴、後者は統計的な誤差の問題ですけどね。

(無題) 削除/引用 No.8341-3 - 2019/10/22 (火) 14:55:41 - み 遺伝子にもよるけど1.6倍のmRNA発現変動がどれだけ蛋白レベルや蛋白turnoverに影響を与えているかは注意深く検討しないといけない。 普通はqPCRで差がなかったらその程度の差の遺伝子なんて見向きもしないかな。 しかも同じRNAストックを使っていて異なる手法では再現性とれないわけだよね。 もちろんprimer set変えてやったり、新たなRNAサンプルを作成して検証すべきだけどね。 アレイも3:3でやってるみたいだけどシグナル強度がしっかりしていて、総当りの3:3比較でいずれも1.6倍以上になっているのかい？

(無題) 削除/引用 No.8341-2 - 2019/10/22 (火) 13:20:00 - おお >アレイのデータを信じてまして、 根拠は何？通常それだけでは確実でないから（言い換えれば信用できないから）Validationをするんじゃないの？ PCRのInternal controlは何？そのコントロールはアレイで変動が見られない？ まあStandardizeの仕方が違うから場合によっては違うように見える事もあるし。 あなたのｑPCRの手技に関してはよく分からないけどね。

アレイとPCR結果の相違について 削除/引用 No.8341-1 - 2019/10/22 (火) 12:58:34 - トロちゃん アレイとPCR結果の相違についてです。 外注マイクロアレイで得られた 以下のデータ --- ABC遺伝子の発現比（Fold Change） 【A郡：1.6 /　B郡 1】 --- の再現性を確認すべく、qPCRを行った結果、 ABC遺伝子の発現比が A郡とB郡で、ほぼ１：１ という結果が出てしまいました。 PCRは、アレイと同様の N数(3)、 同じRNAストックを用いて実験を行いました。 アレイのデータを信じてまして、 私のPCRの手技的な問題なのかなと考えているのですが、、 このようなご経験がある方いらしゃいますでしょうか。 PCRのプライマーを変えてみることも検討しているのですが、 アドバイスございましたら、ご教示頂けますと幸いです。

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